我国法律、法规及司法解释对确认之诉是否适用诉讼时效制度没有明确规定，股东资格确认纠纷诉讼时效适用一般的诉讼时效，是3年。

《公司法》规定，股东可以分期缴纳出资，实行分期缴纳出资的，股东虽未出资，公司可以成立，没有出资仍可取得股东资格。即股东出资和股东资格可以分离。《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国公司法〉若干问题的规定(三)》[以下简称公司法解释(三)]又规定了公司股东瑕疵出资的民事责任，进一步明确如果符合股东资格及股权的外观形式，即使股东违反出资义务，也应确认股东资格。

公司法解释(三)第二十三条同时规定，当事人之间对股权归属发生争议，一方请求人民法院确认其享有股权的，应当证明以下事实之一：已经依法向公司出资或者认缴出资，且不违反法律法规强制性规定;已经受让或者以其他形式继受公司股权，且不违反法律法规强制性规定。依据该条规定，当股权归属发生争议时，当事人应当提供取得股权的实质性证据，证明已经依法向公司出资或者认缴出资。即通过出资、认缴出资方式或者受让方式依法原始取得或者继受取得股权。

根据公司法及其司法解释的前述规定精神，公司股东取得完整股东资格和股东权利，必须符合实质要件和形式要件。实质要件是出资，形式要件是对股东出资的记载和证明，即公司章程记载、股东名册记载、工商部门登记。股东资格确认纠纷，不仅仅发生在公司股东与股东或者股东与公司之间，在公司债权人要求公司股东承担有限责任之外的其他民事责任时，也必须对当事人是否具有公司股东资格进行确认。公司法及其司法解释强调股权取得的形式要件的意义在于对公司股东之外的第三人利益的保护。对于公司内部关系而言，实际出资是股东对公司最重要的义务。因此，对于股东资格确认诉讼，首先应当区分当事人争议的法律关系性质是属于公司内部法律关系还是公司股东与公司之外第三人之间的公司外部法律关系，然后确定相应的审查标准：在诉讼涉及股东与公司之外第三人之间的外部关系上，应贯彻外观主义原则，保护外部善意第三人因合理信赖公司章程的签署、公司登记机关的登记、公司股东名册的记载而作出的行为效力;在公司股东之间因股权归属产生争议时，应注重股权取得的实质要件，即是否实际出资，是否持有出资证明书，是否行使并享有股东权利。如果过了诉讼时效的，被告是可以提出诉讼时效抗辩的。