1、针对是否税负会升高的问题

房地产和建筑业改征增值税后，两行业税率预计为11%，且部分业务实际上无法取得增值税专用发票。比如劳务成本大概占总成本的20%～30%，这部分无法获得专用发票；还比如石沙等原料难以取得增值税发票。

实务中很多企业原来是核定征收的，不能准确核算成本，甚至很多业务都不要发票。如果这类纳税人连续12个月的销售额达到规定标准，就可能导致按税率征收，且进项税额不得抵扣。

上述原因均可能导致纳税人的税负升高。

可能会有部分纳税人说，为降低税负，控制企业销售收入，使企业可以按小规模纳税人的身份申报纳税。先不说500万元的销售额标准很容易达到，如果纳税人开出的是3%的增值税专用发票，由于建设方（发包方）可抵扣的增值税变少，同样的含税价格，建设方可能会选择可抵扣税款较多的施工企业。

为规避税负可能升高的风险，建筑业企业应当在企业内部财务制度中要求企业相关人员尽量取得增值税专用发票，并尽量与具有增值税一般纳税人资格的企业合作。对于无法进行准确核算的企业，要尽快完善会计核算，使企业能有较多的增值税进项税额可以抵扣。

2、在签订合同时应注意的问题

在没有实行营业税改征增值税前，由于营业税属于价内税，合同收入中包含营业税，这样不用提示是否含税；而实行营业税改征增值税后，增值税是价外税，如果没有特别注明，合同收入中应当是不包含增值税的。当然为了避免歧义，企业最好在合同中明确交易额是否含税，并明确提供多少税率的发票。如果对方是想小规模纳税人，你获得的抵扣就比较少，这样会导致企业的税收负担加重。

在合同中要明确增值税发票的提供时间，因为只有取得了对方的增值税发票，纳税人才可以抵扣。

在原有的营业税体系下，虽然也有发票开具的规范性要求，但相对而言，增值税体系下对服务提供方开具发票将更为严格。比如纳税人识别号信息在增值税专用发票开具中是必须列示的，在开具营业税发票时，则不需要提供。因此，服务接受方需要把公司名称、纳税人识别号、地址、电话、开户行、账号信息主动提供给服务提供方，用于服务提供方开具增值税专用发票。在拟定合同时，要注意信息的准确性，并明确由于信息的不准确造成的不可挽回损失，应当如何承担。

3、关于材料提供的问题

原材料的税率大都是17%，建筑业、不动产业的税率预计是11%，这个相当于用17%的增值税进项税来抵扣11%的销项税。这导致可能甲方要求材料由其自己提供（当然原营业税政策中的甲方提供原材料，施工方依旧计入营业额的政策肯可能取消），企业在业务处理中考虑这方面的问题，以合理确定整体税负。

4、关于进项税额抵扣的问题

增值税进项税额的抵扣比较严厉，不是随便取得增值税专用发票都可以抵扣的，这个就涉及到增值税中要求的三流一致了。

《国家税务总局关于加强增值税征收管理若干问题的通知》（国税发[1995]192号）中第一条规定，购进货物或应税劳务支付货款、劳务费用的对象，纳税人购进货物或应税劳务，支付运输费用，所支付款项的单位，必须与开具抵扣凭证的销货单位、提供劳务的单位一致，才能够申报抵扣进项税额，否则不予抵扣。

同时《国家税务总局关于纳税人对外开具增值税专用发票有关问题的公告》（国家税务总局公告2014年第39号）规定纳税人通过虚增增值税进项税额偷逃税款，但对外开具增值税专用发票同时符合以下情形的，不属于对外虚开增值税专用发票：

1、纳税人向受票方纳税人销售了货物，或者提供了增值税应税劳务、应税服务；

2、纳税人向受票方纳税人收取了所销售货物、所提供应税劳务或者应税服务的款项，或者取得了索取销售款项的凭据；

3、纳税人按规定向受票方纳税人开具的增值税专用发票相关内容，与所销售货物、所提供应税劳务或者应税服务相符，且该增值税专用发票是纳税人合法取得、并以自己名义开具的。

上述两部法规从不同的角度阐述了取得发票必须钱流、票流、物流或劳务流的一致，如果不一致，则税务机关有权不允许纳税人抵扣。

5、关于挂靠的问题

在实务中由于我国对工程的承揽资质要求比较严格，导致实务中出现了很多专门依靠出卖资质生产的企业。当然也有一些公司自己没有资质，主要靠其他企业的资质承揽工程。营改增后由于凭证要求比较严格，给这两类企业带来了一定的税收风险。

《财政部国家税务总局关于将铁路运输和邮政业纳入营业税改征增值税试点的通知》（财税【2013】106号）附件1第二条规定，单位以承包、承租、挂靠方式经营的，承包人、承租人、挂靠人（以下统称承包人）以发包人、出租人、被挂靠人（以下统称发包人）名义对外经营并由发包人承担相关法律责任的，以该发包人为纳税人。否则，以承包人为纳税人。

在实务中大都是以被挂靠人的名义对外经营的，只有把挂靠人的经营收支全部纳入被挂靠人的财务核算，相关发票都开给被挂靠人，并与被挂靠人签订合同，款项也是支付给被挂靠人，这样被挂靠人才可能有进项税额可以抵扣。被挂靠企业把款项支付给挂靠企业也要取得相关的合法凭证。

6、增值税发票的处理

增值税专用发票有抵扣期限的问题，超过了抵扣期限没有认证抵扣，除特殊情况外，该发票将不能退票、不能认证抵扣，只能作为普通发票处理了。

《国家税务总局关于调整增值税扣税凭证抵扣期限有关问题的通知》（国税函[2009]617号）第一条规定，增值税一般纳税人取得2010年1月1日以后开具的增值税专用发票、公路内河货物运输业统一发票和机动车销售统一发票，应在开具之日起180日内到税务机关办理认证，并在认证通过的次月申报期内，向主管税务机关申报抵扣进项税额。