小代是上海市某大型餐饮连锁企业的部门经理。在接受聘用担任部门经理时，签订了劳动合同以及一系列的相关协议，一式两份。但是在小代与企业签好合同后，企业认为这些劳动合同和协议涉及聘用员工的企业商业秘密，协议中的相关制度也是企业具有竞争力的管理制度的重要组成部分，因此提出一式两份都由企业保管，当时小代也未提出异议。两年后，小代准备跳槽。企业随即根据双方签订的劳动合同及相关协议提起劳动争议仲裁，要求小代赔偿培训费、违约金、住房补贴等等。而小代则对这一系列的协议和劳动合同都予以否认，认为企业在合同签订后未给小代一份，合同依法未成立，因此双方只能是事实劳动关系。而企业认为，劳动合同和协议都是小代亲笔签字，劳动合同已经成立。

在本案中，双方签订的、但一式两份都由企业保管的合同是否有效，是关系到小代辞职后是否需依法承担违约责任的关键。如果合同成立，那么双方的劳动合同关系也成立；反之，则只能认为双方之间存在事实劳动关系。

首先要对事实劳动关系加以澄清。事实劳动关系也是劳动关系，并不因为其是事实的就不受法律保护或者不具有法律约束力，或者效力低一等。事实劳动关系与一般劳动关系的区别在于：事实劳动关系是根据双方实际履行的事实来确定劳动关系的内容，而一般劳动关系是根据双方在书面合同中的约定来确定劳动关系的内容。不论通过任何途径确定的劳动关系的内容都是受劳动法保护的，对劳动者和用人单位都具有法律约束力。而且，相对而言，实际履行的劳动关系更鲜活而具有生命力。当合同记录与实际履行有差异，如果实际履行的内容是双方真实的意思表示，那么我们应当尊重双方实际履行体现的意思表示。

其次，从合同的一般原理来看，合同的成立注重的是双方当事人意思表示的一致，无论是什么形式，只要能够说明双方达成了一致，就可以认为合同成立了。至于合同文本的保管，不是合同成立的必要条件。从根本上讲，合同无论保存在何处，都只能说明证据的出处，而不能影响合同本身的效力。当然，在劳动关系中，我们强调双方签订书面劳动合同，为的就是以书面的形式确定劳动关系的内容，以便发生纠纷时能够通过最便捷的途径证明劳动关系的内容。

因此，如果小代不能证明单位有未经他同意修改合同的行为，那么他就按照合同的约定承担违约责任。但是，我们还想提醒劳动者最好保留一份合同。