事实劳动合同的解除，可以按照协商或者签订协议的方式来处理。具体方式如下：

1、用工双方合意解除劳动关系。在劳动合同约定的期满前，用人单位与劳动者协商解除劳动关系，未履行的劳动合同权利义务则不再履行。按照《劳动法》第24条规定：“经劳动合同当事人协商一致，劳动合同可以解除”。协议解除劳动合同的，没有必要分清是谁的责任导致。

2、过失性辞退和非过失辞退导致劳动关系的解除。过失性辞退即劳动者的行为违反《劳动法》和行政法规的规定，由用人单位予以辞退而解除劳动合同，劳动关系消灭。即《劳动法》第25条规定的情形;非过失性辞退是指非因职工原因由用人单位辞退职工而解除劳动合同。

《劳动法》第26条规定用人单位可以解除劳动合同情形，但是应当提前30日以书面形式通知劳动者本人(即非过失性辞退情况)：

(一)劳动者患病或者因工损伤，医疗期满后，不能从事原工作也不能从事由用人单位另行安排的工作;

(二)劳动者不能胜任工作，经过培训或者调整工作岗位，仍不能胜任工作;

(三)劳动合同订立时所依据的客观情况发生重大变化时，致使原合同无法履行时，经当事人协商不能就变更劳动合同达成协议的。

3、经济性裁员和企业富余职工辞职导致劳动关系解除。用人单位濒临破产或进行法定整顿期间或者生产经营状况发生严重困难，必须裁减人员的，被裁员人员即与企业解除劳动关系。《劳动法》第27条对此类劳动合同的解除作了明确规定。企业富余人员辞职按国务院有关规定是允许的，同样也导致劳动关系的解除。

4、劳动者主动提出解除劳动合同导致劳动关系的解除。《劳动法》第32条规定了劳动者可以随时通知用人单位解除劳动合同的3种情况：

(一)在试用期内;

(二)用人单位以暴力、威胁非法限制人身自由的手段强迫劳动的;

(三)用人单位未按照劳动合同支付劳动报酬或者提供劳动条件的。

5、劳动合同终止导致劳动关系的自然解除。

《劳动法》第23条规定了劳动合同的终止，即“劳动合同期满或者当事人约定的劳动合同终止条件出现，劳动合同即行终止。”

涉及到劳动关系的解除，一般是属于解除劳动者与用人单位的劳动合同的行为，事实劳动合同可以通过提交事实的劳动依据来进行证明劳动关系，具体情况下可以根据解除劳动合同的正常程序和要求来进行合法的判决处理。