侦查机关立案以后，开始进行侦查。侦查的目的有两个，一是找到犯罪人，一是收集能够证明案件事实的证据。经过侦查，对有证据证明存在犯罪嫌疑的人为了防止其阻碍诉讼的正常进行，如防止犯罪嫌疑人串供、毁灭证据、逃跑、自杀等情形，可以采取强度不同的强制措施，常见的如取保候审、拘留、逮捕等。为了弄清事实真相和收集证据，公安机关有权采取讯问犯罪嫌疑人和询问证人，进行勘验、检查、搜查，扣押物证、书证，组织鉴定、发布通缉令等侦查措施。

犯罪嫌疑人在被侦查机关第一次讯问后或者采取强制措施之日起，可以聘请律师为其提供法律帮助、代理申诉、控告。

此阶段律师可能起到的作用，见“刑事诉讼过程中辩护律师的作用”栏目。

侦查机关经过一系列侦查活动，对于侦查过程中发现不应对犯罪嫌疑人追究刑事责任的，应当作出撤消案件的决定，并制作《撤消案件决定书》，犯罪嫌疑人已被逮捕的，应当立即释放，并发给释放证明。认为案件事实已经基本查清，证据确实充分，犯罪性质和罪名认定正确，依法应当追究犯罪嫌疑人刑事责任的，会写出《起诉意见书》，连同案卷材料、证据，一并移送同级人民检察院审查决定。认为犯罪情节轻微，依法不需要判处刑罚或者免除处罚的，公安机关在移送审查起诉时，可以注明具备不起诉的条件，由检察院审查决定起诉或者不起诉。

检察院接到侦查机关移送的案件以后，案件进入到审查起诉阶段。在这一阶段，检察院会对《起诉意见书》以及全部案卷材料和证据进行全面审查，讯问犯罪嫌疑人，听取被害人的意见，听取犯罪嫌疑人、被害人委托人的意见，调查核实其他证据，认为案件事实不清，证据不足，需要对案件作进一步侦查时，可以决定退回侦查机关补充侦查。

除上述退回补充侦查，由侦查机关作出撤消案件处理的以外，检察院审查后，在案件事实已经查清，证据确实、充分的前提下，会有两种处理方式：一是对于依法应当追究犯罪嫌疑人刑事责任的，向人民法院起诉;二是对于依法不应追究刑事责任，或者依法不需要判处刑罚、免除处罚的，或者补充侦查的案件证据仍然不足的，不将案件交付人民法院审判，即不起诉。

如果被害人及其家属认为检察院应该起诉而不起诉，怎么办?见“刑事诉讼过程中被害方的权利”栏目。