第一，集体合同和劳动合同在订立程序上更有利于劳动者权益保护。用人单位内部的规章制度对其有效管理劳动者，保障劳动生产的顺利进行具有重要意义，但无论是用人单位管理层还是职工大会、职代会制定的规章制度，其制定程序都较强地体现了管理和隶属的特征，对每一个劳动者而言，疏于保护甚至是剥夺劳动者合法权益的情况，在所难免。

集体合同和劳动合同不同。根据《劳动合同法》第51条和第54条规定，企业职工一方与用人单位通过平等协商，可以就劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利等事项订立集体合同。集体合同草案应当提交职工代表大会或者全体职工讨论通过。集体合同由工会代表职工一方与用人单位签订;尚未建立工会的企业，由上级工会指导劳动者推举的代表与用人单位签订。集体合同订立后应当报送劳动行政部门;劳动行政部门自收到集体合同文本之日起15日内未提出异议的，集体合同即行生效。根据《劳动法》第16条和第17条规定，劳动合同是劳动者与用人单位确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。建立劳动关系应当订立劳动合同。订立和变更劳动合同，应当遵循平等自愿、协商一致的原则，不得违反法律、行政法规的规定。我国《劳动合同法》第3条规定：订立劳动合同，应当遵循合法、公平、平等自愿、协商一致、诚实信用的原则。依法订立的劳动合同具有约束力，用人单位与劳动者应当履行劳动合同约定的义务。由以上规定可知，集体合同和劳动合同的订立程序突出体现了平等自愿、协商一致的原则，而这对保护劳动者而言无疑提供了更为充分的程序保证。

第二，劳动关系本质特征的需要。尽管劳动关系具有区别于普通民事关系的特点，但在我国法律体制下，劳动关系仍然在总体上被纳入民事关系范畴。既然是一种民事关系，当事人权利义务的确定当然应该首先考虑适用针对该劳动关系订立的合同文件。无论是集体合同还是劳动合同，都属于劳动关系双方当事人就双方权利义务内容所作的特别约定。这一本质特征是用人单位内部的规章制度所不具备的。

《最高人民法院关于审理劳动争议案件适用法律若干问题的解释(二)》第16条规定：用人单位制定的内部规章制度与集体合同或者劳动合同约定的内容不一致，劳动者请求优先适用合同约定的，人民法院应予支持。

只要集体合同或者劳动合同依法有效，在用人单位内部的规章制度的内容与其不一致时，劳动者请求优先适用合同约定的，人民法院应予支持。正如有观点指出，明确集体合同和劳动合同的优先适用地位，可以防止用人单位、特别是管理者不正当行使劳动用工管理权，借少数人的民主侵害多数劳动者依法享有的民主权利，从而促进劳动力市场管理秩序的规范。