1、为了更好地处置和有效利用闲置土地，我国法律赋予国土资源主管部门处置闲置土地的权力。

根据《闲置土地处置办法》（以下简称《办法》）第十四条第二项规定，对于未动工开发满两年的，市、县国土资源主管部门可以依法报经有批准权的人民政府批准后，向国有建设用地使用权人下达《收回国有建设用地使用权决定书》，无偿收回国有建设用地使用权；闲置土地设有抵押权的，同时抄送相关土地抵押权人。从上述规定来看，对于设抵押权的闲置土地，国土资源管理部门可以按照法律规定予以收回。但《办法》第十三条同时规定，“在拟定设有抵押权的闲置土地处置方案时，市、县国土资源主管部门应当书面通知抵押权人。”但闲置土地处置方案是否应当征得抵押权人的同意、抵押权人的利益如何保护等，法律没有相应的规定。制定《办法》的目的在于促进闲置土地的盘活利用，收回土地并不是立法的目的。

因此，当拟收回的土地已设立抵押的时候，应当在充分保护抵押权人利益的基础上审慎收回。如果拟收回的土地已经被认定为闲置土地之后再设定抵押的，则无须考虑抵押权人的利益，可以直接收回，甚至可以不用通知抵押权人。

2、国土资源主管部门收回闲置土地的权力虽然不受抵押权的限制，但是可能会与其他部门的行为，尤其是法院的生效裁判存在冲突。

《民事诉讼法》第二百五十一条规定：“在执行中，需要办理有关财产权证照转移手续的，人民法院可以向有关单位发出协助执行通知书，有关单位必须办理。”最高人民法院、国土资源部、建设部《关于依法规范人民法院执行和国土资源房地产管理部门协助执行若干问题的通知》第三条第二款规定：“国土资源、房地产管理部门在协助人民法院执行土地使用权、房屋时，不对生效法律文书和协助执行通知书进行实体审查。国土资源、房地产管理部门认为人民法院查封、预查封或者处理的土地、房屋权属错误的，可以向人民法院提出审查建议，但不应当停止办理协助执行事项。”

在闲置土地未被收回前，法院已经做出生效裁判并向国土资源主管部门发出协助执行通知书，国土资源主管部门应当按照相关规定办理过户登记的协助执行事项。实际上，在这种情况下，该块土地经过拍卖能够重新得到充分利用，故无须收回也能实现有效利用土地的政策目的。