(一)本罪与一般违法行为的界限

传染病菌种、毒种扩散罪与违反国务院卫生行政部门作出的有关传染病菌种、毒种的实验、保藏、携带、运输的规定的一般违法行为有某些相似之处，如二者都是违反了有关规定，主观上对可能发生或已经发生的危害结果所表现出的心理状态均为过失，等等。二者的主要界限应从危害结果上把握：前者必须造成了传染病菌种、毒种扩散，并且引发了严重后果；后者则可能是并未引起菌种、毒种的扩散，或者是虽已造成传染病菌种、毒种的扩散，但带来的后果并不严重。

(二)本罪与危险物品肇事罪的区分

危险物品肇事罪，是指违反爆炸性、易燃性、放射性、毒害性、腐蚀性物品的管理规定，在生产、储存、运输、使用中发生重大事故，造成严重后果的行为。其区别表现在：第一，二者侵害的主要客体不同。本罪侵害的主要客体是国家关于传染病防治的管理制度；而后者侵害的主要客体则是公共安全；第二，犯罪对象的性质不同。作为危险物品肇事罪的犯罪对象之一毒害性物品应是指敌敌畏、敌百虫、砒霜、氰化钾、氰化钠、氧化乐甲等无机物，强调的是其剧毒性；而传染病菌种、毒种属有机物，其主要特点是传染性，两者存在显著差异。第三，犯罪主体不同。前者的犯罪主体是特殊主体，即只限于从事实验、保藏、携带、运输传染病菌种、毒种的人员；后者的犯罪主体是一般主体，任何具备刑事责任能力的自然人均可构成该罪。

一、生产、销售不符合安全标准的食品罪本罪与它罪的区分怎么样进行？

(一)本罪与一般生产、销售不符合卫生标准食品行为的界限。一是主观要素不尽相同。前者行为人在主观上都是出于故意，而且具有牟利目的；而后者在主观上是否出于故意还是过失，有无牟利目的，均不影响其构成。二是情节是否严重不同。前者具有“足以造成严重食物中毒事故或其他严重食源性疾患”，或“对人体健康造成严重危害”等情节；而后者则不具有这些情节。三是危害社会程度不同。前者严重侵犯食品卫生管理制度，危害不特定多数人的健康权利甚至生命安全，对社会危害较大；而后者一般仅给食品卫生管理制度和消费者健康权利造成一定侵害，对社会危害相对较小。

(二)本罪与生产、销售有毒有害食品罪的界限。两罪同属食品方面的犯罪，在犯罪客体、主体及主观方面都是相同的。两罪的主要区别为：一是行为方式不同。前者在客观上表现为实施生产、销售不符合卫生标准的食品的行为。后者在客观上表现为实施在生产、销售的食品中掺入有毒、有害的非食品原料或销售明知是掺入有毒、有害的非食品原料的食品的行为。二是构成标准不同。前者属于危险犯，即行为人生产、销售不符合卫生标准的食品，须达到“足以造成严重食物中毒事故或其他严重食源性疾患”程度，才构成犯罪；后者属于行为犯，即只要行为人实施了在生产、销售的食品中掺入有毒、有害的非食品原料或销售明知是掺入有毒、有害的非食品原料的食品的行为，即构成犯罪既遂。三是犯罪对象不同。前者的犯罪对象范围较为广泛，其包括食品卫生法禁止生产经营的一切不符合卫生标准的食品；后者的犯罪对象仅限于有毒、有害食品。