具体看公司章程规定，但一般迟到会扣全勤奖。如果单位规定比较人性化，比如要求达到一定的迟到次数才扣除，就暂时不需要扣除。如果单位对全勤奖的规定不符合法律规定的，可以投诉。

一、公司规定迟到一分钟5块是否合法

公司规定迟到一分钟扣5块合法，具体如下：

1、如果公司规章制度中有迟到罚款，公司规章制度是通过民主程序制度，即制定颁布程序是合法的，只要罚款金额不超过法律规定的必要限度，就是合法的；

2、迟到，属于缺勤，但缺勤时间短，迟到时间不工作，不支付报酬符合规定；

3、无正当理由迟到，因迟到造成用人单位经济损失的，劳动者还应当赔偿损失。法律对迟到工资的具体扣发没有明确规定，可以由用人单位制定。

二、隔离期间是否可以仅发放基本工资

根据目前的国家和地方性政策，基本上各地规定了对新型冠状病毒感染的肺炎患者、疑似病人；

密切接触者因被采取隔离治疗、隔离观察等隔离措施导致不能提供正常劳动的，企业应当视同提供正常劳动并支付员工工资。

此类规定的宗旨是将员工因上述原因处于隔离期的情况视为提供了正常劳动来发放工资的。

根据企业的劳动管理制度，在员工工资包含基本工资、职务津贴、全勤奖等的情况下，这些都属于工资的固定部分，正常情况下；

只要出勤都会支付。因此，隔离期间不能仅发放基本工资，不应扣除其他在正常提供劳动的情况下应发放的工资项目，包括全勤奖等。

三、为何员工迟到罚款合法？

劳动者迟到属于违反劳动纪律，用人单位应当有权在规章制度或企业奖惩制度中，对此类行为进行一定的处罚，以实现双方的权利义务平等。公司依法有权对员工的违规行为作出处罚，但前提是公司有处罚依据，并且是合法制定的。因此，罚款是否合法，一看公司是否有相关规章制度规定;二看规章制度是否合法。如果公司没有相关规章制度规定，作出处罚是没有依据的，是违法的。但严格的讲公司对于迟到不是罚款，罚款是行政处罚的一种，必须有行政立法机关进行立法规定。因为公司不是行政执法机关，没有罚款权限。所谓的罚款其实是对工资的扣除，这个是合法的，因为你违反了公司的制度，但是劳动法和工资支付暂行规定也规定了公司对于迟到员工的处罚不得超过当月工资的20%，另外扣发完工资后不得低于最低工资标准。