(一)传统的办案方式和传统诉讼价值观根深蒂固，是造成超期羁押的思想根源。在中国古代无超期羁押的概念，封建法律统治者随意羁押违规者。现在，有的办案人员在遇到新情况、新问题时，凭感觉、按习惯、照经验、陷入以押代审的怪圈之中，超期羁押现象在所难免。还有办案人员对刑法和刑事诉讼法之间的关系认识不清，价值取向错误，重实体、轻程序，只要所收集的证据足以追究犯罪嫌疑人的刑事责任，不受时间所限制，随意延长羁押期限。

(二)办案人员业务素质低，无时效意识或意识差，是造成超期羁押的主要原因。有些办案人员，对出现的超期羁押情况，往往以案件复杂、证据收集工作量大、难度大、耗时间长等客观原因来掩饰和回避。说到底，这是办案人员业务素质低、责任不强、执法水平不高的表现，执法随意性大，不会灵活运用取保候审、监视居住等强制措施，把羁押作为唯一的法律手段来运用。

(三)缺乏相应惩诫制度，是超期羁押难以杜绝和根除的重要原因。刑事诉讼法及相关立法、司法解释没有关于超期羁押所带来刑事诉讼方面法律后果的规定，对造成超期羁押的办案人员更无明确的法律约束，更无一条具体、明确的对造成超期羁押负责的人员在行政法律、执法责任、法律后果方面的规定。相关规定在这方面的欠缺，就会使素质低、办案能力差、无责任心的办案人员有令不行、有禁不止。

(四)与当前的执法环境也有关系。目前普遍的办案观念是重实体、轻程序，办案人员心里认为是在追求实体的正义，并无私心报复，更无侵犯他人人权意识，因此在内心并没有遣责感。有的认为，只要刑事程序的结果没有错误，诉讼活动过程不可太计较，这种观念不可避免会在办案中出现超期羁押。有的政法机关给基层单位下打击犯罪嫌疑人、被告人指标，罚没款指标等，使基层办案人员疲于应付，一此案件因片面追求罚没款、保证金而超期羁押犯罪嫌疑人、被告人。

(五)公、检、法部门在刑事诉讼衔接上配合不够，是造成超期羁押又一原因。根据刑事诉法规定，不同性质和不同诉讼程序的刑事案件由不同的司法机关管辖，办理具体案件还要具体到办案部门人员。这些办案部门和人员之间不可避免地存在着执法尺度和执法水平的差异，以及相互间衔接配合问题，虽然法律中对办理案件的程序和期限都作了严格的规定，但实际工作中还发生个别违反规定和案件移交衔接脱节的问题，以至出现超期羁押。