侵犯商业秘密罪的侦查机关是公安机关。

目前，各地公安机关对于涉嫌侵犯商业秘密案件的立案流程有所不同，主要有两种情况：

1.权利人报案，公安机关经过初步审查，立案

立案后，由公安机关送检。主要包括两个方面：

(1)权利人所诉的技术信息是否为公知技术;

(2)侵权人使用的技术信息与权利人合法享有的技术秘点是否相同。

这种方式存在有一定的问题：

(1)权利人对自己认为的技术秘点的梳理往往不符合鉴定的需要，需要鉴定机构的帮助。由于专业性太强，公安机关的送检人员在权利人与鉴定人之间传递信息很难，出现鉴定人员与权利人为梳理技术秘点直接沟通的现象，从而有可能影响到鉴定结果的公正性。

(2)鉴定费用的缴纳存在问题。从程序上来讲，对于刑事案件，公安机关送检，鉴定费理应由公安机构缴费。无论是经济发达地区还是欠发达地区，鉴定费都将是一个比较大的问题。为此，有的公安机关就要求权利人直接缴纳鉴定费。这在程序上由是否不妥。权利人往往通过各种途径，联系鉴定机构，也有可能影响到鉴定的公正性，甚至还会出现“鉴闹”。

在鉴定的基础上，公安机关还需要评估权利人的经济损失或者是犯罪嫌疑人的获利情况，是否超过50万元。在评估时，也同样面临着上述问题。

通过司法鉴定和评估后，公安机关还需要重新评价，是否构成犯罪?

2.权利人通过鉴定，公安机关审查后，再立案

商业秘密司法鉴定的范围主要包括两个方面：

(1)权利人所诉的技术信息是否为公知技术;

(2)侵权人使用的技术信息与权利人合法享有的技术秘点是否相同。此外，还需要评估权利人的经济损失或者侵权嫌疑人的获利情况。

为此，有的公安机构对于商业秘密案件立案采取的流程：

(1)权利人自己委托鉴定。对于“权利人所诉的技术信息是否为公知技术”做出鉴定后，考虑到评估权利人经济损失或者侵权嫌疑人的获利情况的难度，采取另外一种方式来考虑，就是权利人的技术秘密的研发成本等是否超过50万元。如果权利人的技术信息鉴定结果为“非公知性”，而且研发成本超过50万元，公安机构审查后，立案。

(2)公安机关立案后，只对“侵权人使用的技术信息与权利人合法享有的技术秘点是否相同”委托鉴定，并在此基础上，评估权利人的经济损失或者侵权嫌疑人的获利情况。

公安机关采取第2种流程，由于只对“侵权人使用的技术信息与权利人合法享有的技术秘点是否相同”和评估“权利人的经济损失或者侵权嫌疑人的获利情况”，在“权利人所诉的技术信息是否为公知技术”鉴定的基础上，技术性就简单了许多。对于技术问题，一般不需要权利人与鉴定人直接沟通，从而保证鉴定的公正性。另一方面，在权利人鉴定的基础上，对权利人滥用公权力的愿望已经有所遏制，有效减少了公安机构的工作量，节省了不少的鉴定费。