尽管我国关于公司企业的立法已经初具规模，但是关于合并的规定却依然不够完善，目前专门规定企业合并的似乎只有国家体改委等部门联合发布的部门文件《关于企业兼并的暂行办法》。在这种状况下不可避免地会出现一些问题。我国企业合并方面的法律问题主要表现在以下几个方面。

(一)立法上存在着漏洞

规范有序的企业合并需要有健全的法律法规作为配套。虽然企业合并在我国已经有相当一段时间的历史，在现阶段更是成了国有企业改革的一项重要措施。但是关于企业合并的法律法规依然很不健全。现行有关合并的立法对合并的很多制度没有做出规定，有关合并的许多规定只是散见于《公司法》、《破产法》等法律法规之中。如全民所有制工业企业法、集体企业条例等对合并的形式、合并的效力、合并的具体程序、合并的债权人的保护等重要的制度未做出规定。就是对合并规定较多的公司法，也缺乏对一些主要问题的规定，例如合并合同、合并中异议股东的保护、合并对价与合并支付金、简易合并等。此外，我国至今还没有反垄断立法，很难防止在合并中垄断问题的产生。

(二)立法不统一甚至相互矛盾

在我国，企业按照不同的类型分别使用不同的企业立法。而企业合并立法又含在相应企业立法中，这就造成了企业合并分别立法。这种分别立法缺乏协调，造成不统一，甚至相互矛盾。这种混乱主要表现在以下几个方面：

(1)企业合并的概念、形式的差异。公司法规，公司合并形式为吸收合并和新设合并，吸收合并中，一方公司解散，另一方公司存续;新设合并中，合并各方解散。适用于非公司制国有企业的部门文件《关于企业兼并的暂行办法》中则规定，企业兼并是指一个企业购买其他企业的产权，使其他企业失去法人资格或者改变法人实体的一种行为。显然这里的兼并除了公司法规定的两种合并外，还包括吸收合并的内容。另外该《暂行办法》还规定企业兼并包括承担债务式、购买式、吸收股份式、控股式等五种形式。立法对合并性质、形式的不同规定，使人们对合并的理解产生歧义，导致了合并事务中合同条款概念的模糊。

(2)企业合并的决定、审批规定的差异等。有些规定缺乏合理性。从平衡合并有关利害关系人利益，兼顾公平与效率的原则考虑，现行涉及合并的主要法律——公司法的有些规定尚有不合理因素。例如，关于平衡股东之间的利益，一是没有简易合并的规定，这不利于对多数股东的保护和合并的效率的提高;二是没有保护异议股东(即异议股东股份回购请求权)的规定，这又不利于对少数股东的保护和合并公平的原则。又如，关于债权的保护程序，规定了过于繁琐的合并公司公告程序和过于严格的债权人异议效力，这不利于合理平衡债权人和股东的利益，也不利合并的边界和效率。

(三)市场不完善，中介机构不发达，政府的行政干预过多，企业合并机制难以真正发挥作用

企业合并中，一些政府行为是必要的。因为在现行体制下，许多行为完全由企业自己完成还缺少相应的机制，政府可以在一定程度上推动企业合并。但是，目前企业合并中政府盲目干预过多，一些企业主管部门强制企业合并，拉郎配，这严重违反了企业合并的基本经济规律。造成这种局面的一个原因就在于企业产权交易市场不健全。企业合并时以市场为依托进行的，其本身也是资本运动。没有发达开放的产权交易市场和资本市场，企业合并必然十分困难。同时，中介机构对于企业合并也起着非常重要的作用，企业兼并通常需要有业务水平高的中介机构介入，为兼并双方提供信息和咨询，牵线搭桥，提供资金支持。我国目前在企业合并中中介机构的参与十分有限，主要表现在：信息量少，咨询服务功能不强;人员业务素质低;中介机构的主要业务局限在财务审计、资产评估和法律咨询上。针对此现状，应当加大力度完善产权交易市场、资本市场，培育和发展中介机构，确保企业合并的顺利进行。