运输合同纠纷可以通过当事人协商，人民调解委员会或者其他第三方机构调解、根据仲裁条款或者仲裁协议申请仲裁，以及向有管辖权的法院提起诉讼来解决。诉讼是解决合同纠纷的最终形式，在协商、调解不成以及无法达成仲裁协议的情况下才可以提起。

如何处理海上运输合同纠纷

在运输合同中，不论是铁路、公路、水上、航空运输，还是联合运输合同的纠纷，因此而提出的诉讼，一般由运输始发地、目的地或者被告住所地的人民法院管辖。在诸多形式的运输中，有两个运输方式而成立的合同是例外。其一，如果是海上运输而产生的纠纷，应当由海事法院管辖；其二，如果是铁路运输合同的纠纷以及与铁路运输有关的侵权纠纷，应当由铁路运输法院管辖。

相关法律：

《中华人民共和国海事诉讼特别程序法》

第六条海事诉讼的地域管辖，依照《中华人民共和国民事诉讼法》的有关规定。

下列海事诉讼的地域管辖，依照以下规定：

（一）因海事侵权行为提起的诉讼，除依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二十九条至第三十一条的规定以外，还可以由船籍港所在地海事法院管辖；

（二）因海上运输合同纠纷提起的诉讼，除依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二十八条的规定以外，还可以由转运港所在地海事法院管辖；

（三）因海船租用合同纠纷提起的诉讼，由交船港、还船港、船籍港所在地、被告住所地海事法院管辖；

（四）因海上保赔合同纠纷提起的诉讼，由保赔标的物所在地、事故发生地、被告住所地海事法院管辖；

（五）因海船的船员劳务合同纠纷提起的诉讼，由原告住所地、合同签订地、船员登船港或者离船港所在地、被告住所地海事法院管辖；

（六）因海事担保纠纷提起的诉讼，由担保物所在地、被告住所地海事法院管辖；因船舶抵押纠纷提起的诉讼，还可以由船籍港所在地海事法院管辖；

（七）因海船的船舶所有权、占有权、使用权、优先权纠纷提起的诉讼，由船舶所在地、船籍港所在地、被告住所地海事法院管辖。

第七条下列海事诉讼，由本条规定的海事法院专属管辖：

（一）因沿海港口作业纠纷提起的诉讼，由港口所在地海事法院管辖；

（二）因船舶排放、泄漏、倾倒油类或者其他有害物质，海上生产、作业或者拆船、修船作业造成海域污染损害提起的诉讼，由污染发生地、损害结果地或者采取预防污染措施地海事法院管辖；

（三）因在中华人民共和国领域和有管辖权的海域履行的海洋勘探开发合同纠纷提起的诉讼，由合同履行地海事法院管辖。

《中华人民共和国民法典》第八百零九条

运输合同是承运人将旅客或者货物从起运地点运输到约定地点，旅客、托运人或者收货人支付票款或者运输费用的合同。