一、自动投案的认定。根据最高人民法院下发的《关于处理自首和立功具体应用法律若干问题的解释》规定，自动投案，是指犯罪事实或者犯罪嫌疑人未被司法机关发觉，或者虽被发觉，但犯罪嫌疑人尚未受到讯问、未被采取强制措施时，主动、直接向公安机关、人民检察院或者人民法院投案。实践中，意欲投案者可能遇到客观障碍，或者期待最大限度保护自身权利，也有其他的投案方式可以选择：贪污受贿者携款潜逃后，被纪委、司法机关劝返回国；在逃跑路上、被追捕中、被通缉中主动归案等。身在国外的犯罪嫌疑人能否因其在国内的罪行向国外司法机关投案？笔者认为，由于司法权的独立性，不能作出如此认定，但是可以通过电话、传真、电子邮件等方式向国内的办案机关如实陈述自己的罪行，并且及时回国接受审查，则可以认定自动投案。

单位纪检部门时常在定期自查中发现问题，或是专项工作时进行思想教育而督促违纪违法人员主动向单位纪检、单位负责人说明自己的问题，当行为人主动向单位纪检部门或负责人说明问题后，由单位将其移送司法机关；犯罪嫌疑人委托他人，尤其是法律专业人士代为投案，而犯罪嫌疑人随时准备将自己置于司法机关控制之下；司法机关通过做通犯罪嫌疑人亲友的工作，亲友将犯罪嫌疑人送去投案。也应视为自动投案：

二、犯罪嫌疑人交代的犯罪事实究竟是未被办案机关所掌握，还是办案机关已掌握。这一问题有时在审查起诉阶段难以判断，其中很重要的一个原因是侦查部门的某些违规行为掩盖了事实真相，为正确认定自首增加了难度。从侦查机关掌握的线索来源看，有举报人举报或者司法机关在查办中自行发现两种，如获得的举报线索中举报人对嫌疑人的犯罪事实有所具体指向，指明事情的梗概，行为人在什么具体事件中有职务犯罪嫌疑。侦查机关掌握了这样的举报线索其实就已经了解了案件的事实情况，但侦查机关为了达到办案便利，案件质量高，完成结案率的目的，在抓捕嫌疑人到案后仍要给犯罪人一个自己陈述的自首机会。这样处理案件的后果是案件到达公诉环节时，办案人无论是通过案卷还是提讯犯罪嫌疑人都无法发现这种暗箱操作的交易行为，将伪如实供述办案机关未掌握的犯罪事实的行为认定为自首，而这一行为本来应认定为坦白，使犯罪嫌疑人获得了不应该得到的轻判机会。

三、行为人对于司法机关已掌握的事实，在行政监察机关主动交代的行为是否成立自首。对这一问题目前有两种观点：一种观点认为，犯罪嫌疑人在行政监察机关如实交代自己未被行政监察机关所掌握的罪行的，如果符合自首的两个法定条件，即应当认定为自首。另一种观点认为，在行政监察机关调查谈话、采取调查措施期间，交代司法机关已经掌握的线索所针对的事实的，不能认定为自首。

笔者认为，这里的办案机关应当包括纪检、监察、公安、检察等法定职能部门，如果在被监察部门调查谈话、采取调查措施期间，如实交代监察机关所掌握的线索所针对的事实的，不能认定为自首，因为其没有自动投案的行为，如实交代只能认定为坦白。如果该监察部门未掌握该线索所针对的事实，但检察机关等司法机关已经掌握的，行为人在被调查谈话时，主动交代上述事实的，笔者认为，应当区分不同情形处理。如果行为人是在常规性的、例行的谈话时，主动交代的，则主观意愿较强，可以认定为自首；如果是被个别的谈话、有问题需要说明时，则这时其主观意愿受到约束比较大，难以认定为自动投案，就不能认定为自首。

四、单位自首的认定。认定单位自首主要把握两点：一是单位意志的体现。单位进行职务犯罪后决定自首的情形为：单位集体讨论或单位的决策机构讨论后全体同意自首的决定；单位的法定代表人、负责人的决定；单位直接负责的主管人员的决定；单位的直接责任人员的决定。二是单位自首效果是否能及于个人。单位自首的，而直接负责的主管人员和直接责任人员未自动投案，由于行为人没有投案的自动性，则对其行为不能认定为自首。当然，行为人在代表单位自首时，也在其他责任人的同意下代表其他责任人或部分责任人进行了投案，而这些责任人如果能够在随后的时间里如实交代其犯罪行为，则应认定为自首。

五、概括性自首的认定。概括性自首是指犯罪嫌疑人在向司法机关承认自己实施多起犯罪行为，但是由于某些客观因素无法准确地供述所有犯罪细节，只能概括性地供述大体的犯罪行为，但提供了较为具体、清晰的案件线索供司法机关侦查，并最终查证属实的自首行为。在实践中，由于犯罪时间的长短、行为人个人的生理、心理原因等，在自动投案后难以准确供述其罪行，这完全符合事物发展的客观规律，所以能供述出犯罪的大概情况，并且积极配合司法机关调查取证查明事实真相，应该认定为自首。