分公司可以独立开发票的。分公司无论是否为独立核算，只要是从事生产经营，与总机构不在同一县（市）的，就应该到所在地主管税务机关办理税务登记，接受税务管理，缴纳税款，开具发票。经有权的税务机关批准汇总纳税的，按汇总纳税的规定缴纳税款开具发票。

一、分公司和总公司发票如何处理

分公司和总公司发票的处理方法如下：

1、如果分公司和总公司之间是独立核算的，可以相互开发票，但开发票的时候，要注意按市场公允价格来计算劳务、商品的价值，不能按自己的需要来计算，这叫关联交易。

2、如果相互之间不是独立核算的，而且又是在同一个区域内，或者经税务机关审批同意汇总缴纳的；

可以汇总来汇算企业所得税，但总、分公司之间的交易，一般不得开发票，如果属于跨区域调拨货物等增值税视同销售行为，才能开发票。

二、关于分公司报税的问题解答

网友提问：非独立核算的分公司，分公司如何报税，需要报哪些税种？

律师解答：非独立核算的分公司，分公司缴纳地税的税种，国税和企业所得税由总公司合并报表汇总申报。

分公司需申报的税种有营业税、城建税、教育费附加税、个人所得税、印花税、房产税、土地使用税、车船使用税。

纳税申报方式分为网上申报或上门申报，如果网上申报，直接登陆当地地税局网站，进入纳税申报系统，输入税务代码、密码后进行申报即可，如果是上门申报，填写纳税申报表，报送主管税务局就即可。

三、临时税务登记管理办法

《税务登记管理办法》第八条规定：企业，企业在外地设立的分支机构和从事生产、经营的场所，个体工商户和从事生产、经营的事业单位（以下统称从事生产、经营的纳税人），向生产、经营所在地税务机关申报办理税务登记：（一）从事生产、经营的纳税人领取工商营业执照的，应当自领取工商营业执照之日起30日内申报办理税务登记，税务机关发放税务登记证及副本；（二）从事生产、经营的纳税人未办理工商营业执照但经有关部门批准设立的，应当自有关部门批准设立之日起30日内申报办理税务登记，税务机关发放税务登记证及副本；（三）从事生产、经营的纳税人未办理工商营业执照也未经有关部门批准设立的，应当自纳税义务发生之日起30日内申报办理税务登记，税务机关发放临时税务登记证及副本；（四）有独立的生产经营权、在财务上独立核算并定期向发包人或者出租人上交承包费或租金的承包承租人，应当自承包承租合同签订之日起30日内，向其承包承租业务发生地税务机关申报办理税务登记，税务机关发放临时税务登记证及副本；（五）境外企业在中国境内承包建筑、安装、装配、勘探工程和提供劳务的，应当自项目合同或协议签订之日起30日内，向项目所在地税务机关申报办理税务登记，税务机关发放临时税务登记证及副本。《税务登记管理办法》第三十条规定：纳税人到外县（市）临时从事生产经营活动的，应当在外出生产经营以前，持税务登记证到主管税务机关开具《外出经营活动税收管理证明》（以下简称《外管证》）。