（一）原清算组担任破产管理人的问题。《最高人民法院关于审理企业破产案件指定管理人的规定》第18条规定，在破产申请受理前已经根据有关规定成立清算组的，可以指定清算组为管理人。通常认为，清算组成员与债权人、债务人存在利害关系，甚至本身就是公司股东或董事等，即不应指定清算组为管理人。根据公司法第184条的规定，普通清算的清算组是由公司的股东、董事或股东大会确定的人等组成的，不符合被指定为管理人条件的，且新破产法设立管理人制度的立法目的是为改变清算组模式，故由清算组担任管理人仅是指定管理人的特殊情况，主要针对破产法第133条规定的国有企业政策破产等特殊情况。但是，对特别清算的清算组中的中介机构因系法院指定，独立于债务人，与债务、债权人一般无利害关系，且继续指定其担任管理人可提高破产清算效率，法院可指定其为破产程序中的管理人或者新的清算组管理人成员。

（二）原债权的重新申报问题。对于在公司清算程序中已申报的债权在破产程序中是否需要重新申报，实务中存在争议，做法也不尽一致。一种观点认为，两种程序对于债权申报的要求严格程度不同，公司清算程序对债权的登记较宽松；而破产程序对债权的登记要求严格，同时债权登记、审核的主体不同，公司清算程序登记的效力并不及于破产程序。因此主张债权人应向破产管理人重新申报债权，且重新提交破产债权申报资料。另一种观点认为，一般债权人在两种程序中申报的债权性质、本金等基本相同，申报资料也基本相同，至于利息的计算则管理人可直接依法确认到破产申请受理日，如需债权人重新申报则增大了债权人主张权利的成本，浪费了清算资源，同时也会使债权人产生不满情绪。因此主张无需重新申报。笔者认为，虽然在清偿债务的目的上是相同，但公司清算程序与破产程序在性质上是两种不同的，前者主要体现公司的自治和协商清偿原则；后者则体现国家的干预和公平清偿原则，因而两者对债权申报的重视和要求严格程度不同。同时，在公司清算过程中常发生债权的增减变化，对于债权的重新申报也提出了客观要求。因此，笔者赞同第一种观点。但是，为了节约清算成本，也为了尽可能地维护债权人的利益，可以采取变通做法，由管理人向债权人发出通知书，由债权人选择是否将公司清算程序中的债权申报资料转为向管理人申报。如果债权人选择转换，债权人则无需向破产管理人重新申报，在材料不齐时才由管理人通知债权人补齐；如果债权人不选择转换，则由债权人重新向管理人申报，实践中，大多数债权人均会选择转换，收到了良好的效果，破产法司法解释应将这一实践做法予以肯定。