建设工程合同纠纷损失可以这样计算：当事人因对方不履行建设工程合同义务而造成损失的，可以要求对方赔偿其损失，其中损失赔偿额应当相当于因违约所造成的损失，这里的损失也包括合同履行后可以获得的利益，但是，不得超过违约一方订立合同时预见到或者应当预见到的因违约可能造成的损失。因此，建设工程合同纠纷损失是按照实际发生损失来计算的，不可预见的损失是不需要赔偿的。

如何计算因合同违约所产生的损失

1、当事人在合同中明确约定违约金的数额或者计算方法，并且约定不违法，也无明显不合理的，则适用合同约定的违约金。

但如果合同约定的违约金数额低于造成的损失的，当事人可以请求法院或者仲裁机构予以增加；

如果约定违约金过分高于造成的损失，当事人可以请求法院或者仲裁机构予以适当减少。

2、法律法规对某一类合同的违约金有明确规定，并且不允许当事人自由约定的，无论当事人是否约定了违约金，都应适用法定违约金。

3、法律法规对某一类合同的违约金作了规定，但同时允许当事人自由约定违约金，如果当事人已经约定了违约金，则适用当事人的约定；

如果当事人没有约定违约金，则适用法定违约金。

如：

根据最高人民法院的司法解释，对于逾期付款，如果当事人没有约定违约金，则按照中国人民银行规定的金融机构计收逾期贷款利息的标准计算违约金。

此外，在司法实践中，如果当事人对于违约金的约定明显不合理（超过法定标准太多），也可能会适用法定违约金。

本案中，当事人约定的违约金显然过高，因此法院判决按法定标准计算违约金。

通过上述分析知道，依据《民法典》的规定，当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，在履行义务或者采取补救措施后，对方还有其他损失的，应当赔偿损失。

所以主张违约责任不影响损失赔偿。

《中华人民共和国民法典》第五百八十四条当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定，造成对方损失的，损失赔偿额应当相当于因违约所造成的损失，包括合同履行后可以获得的利益；但是，不得超过违约一方订立合同时预见到或者应当预见到的因违约可能造成的损失。