医疗机构转让合同纠纷属于普通的医疗机构所有权转让的合同纠纷，其纠纷解决的方法应当参照《民法典－－合同编》的相关规定来处理，按照损失弥补原则来确定具体的赔偿标准，合同有约定违约金的按照违约金标准来赔偿，没有约定违约金的，按照实际损失赔偿标准来确定。

转让合同纠纷怎么处理

处理合同纠纷一般有两种方式：1、双方协商；2、向法院提起诉讼。根据转让合同对象的不同，具体的处理方法和策略也有所不同。以下分析基于债权转让合同：债权转让又称债权转让，即债权人在不改变合同内容的情况下，通过第三人订立的合同将债权的全部或者部分转让给第三人。债权转让成立的条件是：债权必须合法有效，不得侵犯公共利益。转让不得改变债权的主要内容。债权转让人和受让人必须就债权转让达成协议。

《中华人民共和国民法典》

第五百八十三条

当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，在履行义务或者采取补救措施后，对方还有其他损失的，应当赔偿损失。

第五百八十四条

当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定，造成对方损失的，损失赔偿额应当相当于因违约所造成的损失，包括合同履行后可以获得的利益；但是，不得超过违约一方订立合同时预见到或者应当预见到的因违约可能造成的损失。

第五百八十五条

当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。

约定的违约金低于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以增加；约定的违约金过分高于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当减少。

当事人就迟延履行约定违约金的，违约方支付违约金后，还应当履行债务。

第五百八十六条

当事人可以约定一方向对方给付定金作为债权的担保。定金合同自实际交付定金时成立。

定金的数额由当事人约定；但是，不得超过主合同标的额的百分之二十，超过部分不产生定金的效力。实际交付的定金数额多于或者少于约定数额的，视为变更约定的定金数额。

第五百八十七条

债务人履行债务的，定金应当抵作价款或者收回。给付定金的一方不履行债务或者履行债务不符合约定，致使不能实现合同目的的，无权请求返还定金；收受定金的一方不履行债务或者履行债务不符合约定，致使不能实现合同目的的，应当双倍返还定金。

第五百八十八条

当事人既约定违约金，又约定定金的，一方违约时，对方可以选择适用违约金或者定金条款。

定金不足以弥补一方违约造成的损失的，对方可以请求赔偿超过定金数额的损失。