妨害传染病防治罪的处罚，包括两点：

1、一般情况下，构成犯罪的，应当判处三年以下有期徒刑或拘役；

2、如果存在特别严重的后果，应当判处三年至七年有期徒刑。

妨害传染病防治罪，是指违反传染病防治法规定，引起甲类传染病传播或者有传播严重危险的行为构成的犯罪。

一、构成传染病菌种、毒种扩散罪既遂一般会如何判

构成传染病菌种、毒种扩散罪既遂一般会判处三年以下有期徒刑或者拘役；后果特别严重的，处三年以上七年以下有期徒刑。传染病菌种、毒种扩散罪是指从事实验、保藏、携带、运输传染病菌种、毒种的人员，违反国务院卫生行政部门的有关规定，造成传播染病菌种、毒种扩散，后果严重的行为。

二、疫情期间企业擅自复工有什么后果

1、若企业违反当地的复工规定，擅自提前复工，影响疫情防控工作的，企业及其负责人可能被处以警告、罚款、拘留等行政处罚措施。《中华人民共和国治安管理处罚法》第五十条规定：不执行人民政府在紧急状态情况下依法发布的决定、命令的，处警告或者二百元以下罚款;情节严重的，处五日以上十日以下拘留，可以并处五百元以下罚款。《中华人民共和国突发事件应对法》第六十四条规定：有关单位未按规定采取预防措施，导致发生严重突发事件的，由所在地履行统一领导职责的人民政府责令停产停业，暂扣或者吊销许可证或者营业执照，并处五万元以上二十万元以下的罚款;构成违反治安管理行为的，由公安机关依法给予处罚。2、如因提前复工导致传染病传播、流行的，给他人人身、财产造成损害的，企业应承担民事侵权赔偿责任。《中华人民共和国传染病防治法》第七十七条:单位和个人违反本法规定，导致传染病传播、流行，给他人人身、财产造成损害的，应当依法承担民事责任。3、企业明知有员工来自疫区且未依照相关规定进行隔离观察，擅自提前复工，导致新冠肺炎传播加快、造成员工及他人交叉感染的后果，有可能被追究刑事责任。《中华人民共和国刑法》第三百三十条规定，违反传染病防治法的规定，拒绝执行卫生防疫机构依照传染病防治法提出的预防、控制措施的，引起甲类传染病传播或者有传播严重危险的，构成妨害传染病防治罪，处三年以下有期徒刑或者拘役;后果特别严重的，处三年以上七年以下有期徒刑。单位犯前款罪的，对单位判处罚金，并对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员，依照前款的规定处罚。”

三、疫情期间拒绝治疗如何处理

疫情期间拒绝治疗的，由公安机关协助医疗机构依法采取强制隔离治疗措施。构成犯罪的，应当承担刑事责任，尚未构成犯罪的，由行政机关依法给予行政处罚。根据法律规定，拒绝执行卫生防疫机构依照传染病防治法提出的预防和控制措施，造成甲类传染病传播或者严重传播危险的，以妨害传染病防治罪定罪处罚，处三年以下有期徒刑或者拘役，后果特别严重的，处三年以上七年以下有期徒刑。