为加强房地产税收管理，国家税务总局先后下发了《关于印发房地产开发经营业务企业所得税处理办法的通知》(国税发[2009]31号)和《关于印发土地增值税清算管理规程的通知》(国税发[2009]91号)。对房地产业企业所得税汇算和土地增值税清算分别提出了要求，尽管这两个税种都是以所得额为计税依据，但二者仍存在明显差异。

差异一：汇(清)算时间不同房地产企业的企业所得税征收，实行年中预缴、年终汇算清缴的方式，即每年汇算一次，不论开发产品是否完工，每年均按开发产品销售收入(或完工前销售收入)减扣除项目后的应纳税所得额征税。而土地增值税清算则采取项目清算，只有项目到达清算条件才清算，按收入减扣除项目后的增值额征税。一般是在开发项目完工且销售达到一定比例后进行清算，项目开发销售时间长，则清算时间跨度长。项目开发销售时间短，则清算时间跨度短。

国税发[2009]91号文件第九条规定，纳税人符合下列条件之一的，应进行土地增值税清算：

1、房地产开发项目全部竣工、完成销售的;

2、整体转让未竣工决算房地产开发项目的;

3、直接转让土地使用权的。第十条又规定，对符合以下条件之一的，主管税务机关可以要求纳税人进行土地增值税清算：1、已竣工验收的房地产开发项目，已转让的房地产建筑面积占整个项目可售建筑面积的比例在85%以上，或该比例虽未超过85%，但剩余的可售建筑面积已经出租或自用的;2、取得销售(预售)许可证满3年仍未销售完毕的;3、纳税人申请注销税务登记但未办理土地增值税清算手续的;

4、省(自治区、直辖市、计划单列市)税务机关规定的其他情况。

差异二：成本项目计算不同在计算开发产品的单位成本时，企业所得税汇算要求按6项原则细分核算成本项目。国税发[2009]31号文件第二十六条规定，成本对象是指为归集和分配开发产品开发、建造过程中的各项耗费，而确定的费用承担项目。计税成本对象的确定原则包括可否销售原则、分类归集原则、功能区分原则、定价差异原则、成本差异原则和权益区分原则。

而土地增值税在清算时，只要求按普通标准住宅和非普通标准住宅两个项目分开清算。国税发[2006]187号文件第一条规定，土地增值税以国家有关部门审批的房地产开发项目为单位进行清算，对于分期开发的项目，以分期项目为单位清算。开发项目中同时包含普通住宅和非普通住宅的，应分别计算增值额。

差异三：扣除项目存在差异房地产开发企业在计算其企业所得税应纳税所得额的扣除项目时，主要包括成本、费用、税金、损失和其他合理非支出等内容。而土地增值税扣除项目则包括支付土地价款、房地产开发成本、开发费用、税金和加计扣除等内容。

在土地增值税扣除项目中，与企业所得税不同的地方，表现在房地产开发费用(管理费用、销售费用、财务费用)上，它不是按实际发生数额扣除，而是按一定比例计算扣除(10%以内)。加计扣除部分，也不是按实际发生的成本费用，而是按土地成本和开发成本合计数的20%计算扣除。除此以外，房地产开发成本是以实际发生的成本费用扣除，要求取得合法有效凭证。

在企业所得税的计税成本中，可以按照税法规定计算预提部分费用。

国税发[2009]31号文件第三十二条规定，除以下几项预提(应付)费用外，计税成本均应是实际发生的成本，即：1、出包工程未最终办理结算而未取得全额发票的，在证明资料充分的前提下，其发票不足金额可以预提，但最高不得超过合同总金额的10%。2、公共配套设施尚未建造或尚未完工的，可按预算造价合理预提建造费用。此类公共配套设施必须符合已在售房合同、协议或广告、模型中明确承诺建造且不可撤销，或按照法律法规规定必须配套建造的条件。3、应向政府上交但尚未上交的报批报建费用、物业完善费用可以按规定预提。物业完善费用是指按规定应由企业承担的物业管理基金、公建维修基金或其他专项基金。

差异四：利息费用存在差异在企业所得税汇算中，计算借款利息时，分为资本化和费用化两种处理方式，即企业为建造开发产品借入资金而发生的符合税收规定的借款费用，可按企业会计准则的规定进行归集和分配，其中属于财务费用性质的借款费用，可直接在税前扣除。而土地增值税清算中，利息支出只能单独计算扣除，企业要将计入成本中的利息费用从成本中剔除，与计入财务费用中的利息费用合并计算扣除。利息费用符合一定条件的，可以选择据实扣除;不符合条件的，也可以选择计算扣除。

《土地增值税暂行条例实施细则》

第七条第三项规定，开发土地和新建房及配套设施的费用(以下简称房地产开发费用)，是指与房地产开发项目有关的销售费用、管理费用、财务费用。财务费用中的利息支出，凡能够按转让房地产项目计算分摊并提供金融机构证明的，允许据实扣除，但最高不能超过按商业银行同类同期贷款利率计算的金额。其他房地产开发费用，按土地成本和开发成本之和的5%以内计算扣除。凡不能按转让房地产项目计算分摊利息支出或不能提供金融机构证明的，房地产开发费用按土地成本和开发成本之和的10%以内计算扣除。上述计算扣除的具体比例，由各省、自治区、直辖市人民政府规定。