工程合同纠纷是属于民事纠纷的。工程合同纠纷是属于平等主体之间的纠纷，然后平等主体之间的，以民事权利为义务的，然后因财产关系和人身关系发生纠纷的，就是属于民事纠纷。因此工程合同纠纷是属于民事纠纷，当事人之间发生纠纷的，可以向人民法院提起民事诉讼，请求人民法院作出判决。法律依据

一、仲裁适用于什么纠纷

（一）提请仲裁的当事人应当是平等的民事主体，而不是行政法律关系的公民、法人或其他组织。（二）提交仲裁的纠纷限于民事经济纠纷，包括合同纠纷和涉及财产权益的非合同纠纷，主要有经济合同纠纷、技术合同纠纷、著作权合同纠纷、商标许可使用合同纠纷、房地产合同纠纷、涉外经济合同纠纷、海商、海事中的合同纠纷及其它民事经济合同纠纷，海事、房地产、产品质量、知识产权领域的侵权纠纷等。（三）涉及婚姻、家庭、继承方面的纠纷不能仲裁。这类纠纷虽然属于民事纠纷，一定程度上也涉及财产权益，但这类纠纷往往是与当事人自己不能自由处分的身份关系密切联系。（四）行政争议不能仲裁。行政争议也叫做行政纠纷，是指国家行政机关之间，或者国家行政机关与企事业单位、社会团体及公民之间，由于行政管理而引发的争议。这类争议只能通过诉讼由人民法院审理和判决。

二、如何起诉经济纠纷

所谓经济纠纷主要是基于平等主体之间发生的，以经济权利义务为内容的社会纠纷，也属于民事纠纷的一种。起诉和受理是首要程序，首先需要当事人向有管辖权的人民法院递交起诉书，然后由人民法院依法决定是否受理，法院受理后即可开庭进行案件的审理。在起诉前也需要做好证据的收集，将相关诉讼请求和信息一同载明在起诉书中。

三、商铺出租纠纷如何处理？

商铺出租转让发生纠纷的，合同当事人应当协商处理，协商不成的，可以向法院起诉或者到仲裁机构申请仲裁，当事人愿意调解的，可以优先调解。

根据《民事诉讼法》第三条规定，人民法院受理公民之间、法人之间、其他组织之间以及他们相互之间因财产关系和人身关系提起的民事诉讼，适用本法的规定。

第九十三条规定，人民法院审理民事案件，应根据当事人自愿的原则，在事实清楚的基础上，分清是非，进行调解。

《仲裁法》第二条规定，平等主体的公民、法人和其他组织之间发生的合同纠纷和其他财产权益纠纷，可以仲裁。