政府对证券发行决定权的垄断一直以来构成了我国证券发行制度的基本内容。近年来，虽然经历了从审批到审核，再到核准的制度改革，但是政府对申请发行证券的企业的实质性审查和最终决定权没有变化，只是发行程序的调整而已。我国这种核准制仍带有一定的计划色彩，主要表现在以下几个方面：

1、实行额度管理。中国证监会和国家计委每年都确定年度或跨年度股票发行额，并下达分配至各省、自治区、直辖市、计划单列市和中央企业主管部门。企业要发行股票不仅要符合若干实质性条件，而且要取得发行额度。

2、实行两级审批体制。企业要发行股票，首先要向地方政府或主管部门申请，经同意后再向中国证监会申请，只有连过两关后才能发行股票。

3、实行股票发行与股票上市连续进行的体制。在西方国家，股票发行与股票上市是分开、独立运作的。我国由于证券交易所依附于政府，所以企业发行股票获政府批准后当然也可以上市。可见，我国的发行制度不仅体现了政府对企业的实质性要求，而且体现出政府严格控制了发行市场，任何政策意图都可以通过行政手段贯彻到证券市场中。

这种制度存在一些弊端。第一是政企不分。发行股票的一个重要作用就是企业改制，通过股权结构的调整，以达到政企分开的目的。然而，鉴于当前以政府层层左右为特点的发行制度，企业要发行股票首先是要打通政府这一关，而政府负有审批的任务，也自然地置身于企业事务中。这导致政府、企业的关系越理越不清。第二是效率低下。企业从申请到最终发行股票，程序烦琐累赘，而且费用极高。所以很多企业避开申请，另辟途径，借壳上市，这导致我国壳资源价格昂贵。从企业角度看，上市代价高昂。从社会角度分析，资源浪费巨大。第三是滋生腐败。由于缺乏相互监督、权力制衡的监管体制，政府垄断了发行市场，就容易滋生腐败。企业置经营质量于不顾，利用非法手段，勾结政府官员，骗取上市资格的例子屡见不鲜。没有业绩良好的公司支撑，证券市场要健康发展是不可能的。第四是资源配置计划化。额度控制、计划管理忽视了市场主体的积极性，额度平均分配使企业一起吃大锅饭，其积极性难以调动。另外，我国一直在所有制上存在歧视，在发行市场上庇护公有制企业，特别是国有企业，排挤私有制企业。这明显不符合市场的公平、公正、公开原则。第五是导致发行市场与需求市场的矛盾难以调节。由政府控制的发行额度难以与需求市场达到平衡。我国一直低估了市场供给的资金量，所以政府一直保守地维持较慢的发行步伐，但供需矛盾非常明显，这在高额的股票发行市盈率和巨大的一、二级市场差价中表现出来。第六是不利于投资意识的培养。由于政府对申请发行股票的企业实施严格的审核，使投资者萌生依赖心理，往往忽视风险。如果政府把关不严导致一些质量差的企业上市，就会给毫无准备的投资者带来巨大风险。在这种情况下，政府作为企业上市的把关人，应负连带责任。因此，面对效益差甚至亏损的上市公司，政府在贯彻退出机制时就处于两难的境地。

行政命令下的股票发行，制约了市场机制在证券市场运行中的作用，影响了市场效率，降低了流动性。随着制度的变革，证券市场市场化进程将加快，同时也为市场监管者提出如何处理制度与市场的关系问题。市场化并不等于自由化，不是放弃制度和法规，相反，是为了更好地完善制度和法规，只有在完善的制度和法规下的市场，才能充分地保证市场机制的有效运行。因此，正确处理好制度与市场的关系，是建立市场机制下的股票市场新秩序的基础和前提，也将对证券市场的改革产生重大的影响。