(一)异地管辖还缺乏严格的法律制度

尽管《刑事诉讼法》第26条的规定，可以视为对异地审判管辖问题提供了条文依据，从形式上看，推行异地审判管辖并没有超出上述法律、司法解释规定的范围。但是根据最高法院《解释》第116条，第117条规定：人民法院对人民检察院提起的公诉案件，应当在收到起诉书后，由审判员审查以下内容：案件是否属于本院管辖，对于不属于本院管辖的，应当决定退回人民检察院。同时最高法院《解释》第18条还规定，有管辖权的人民法院因案件涉及本院院长需要回避等原因，不宜行使管辖权的。可以请求上一级人民法院管辖；上一级人民法院也可以指定与提出请求的人民法院同级的其他人民法院管辖。而在实际操作中，检察机关从案件角度考虑，到异地法院提起公诉，即使异地法院同意接受管辖，再由受诉法院向上一级人民法院报请指定自己管辖，实为无法可依。更为严重的是有的法院将案件受理、换押、送达后才向上一级人民法院报请指定管辖。

(二)法、检、公之间缺乏协调与配合

我们知道，一个采取异地管辖模式追诉的职务犯罪刑事案件，不单单涉及异地公诉，还涉及异地审判、异地羁押等方方面面的因素，需要统筹安排、统一协调，需要公检法机关之间良好的衔接、配合。目前，对于省部级以上官员职务犯罪案件，因为事关重大，往往由最高司法机关直接出面，亲自部署督办，在异地管辖办案过程中，一般较少出现问题和摩擦。但那些较低级别职务犯罪案件在异地管辖过程中，则往往好事多磨。表现在异地公诉和异地审判的衔接方面，由于缺乏事前沟通协调，有时会使法院在报批管辖、换押、送达上措手不及，时间上出现偏差，造成公、检、法三机关工作的相互推诿，由于司法程序上的不统一，容易造成超期羁押。

(三)异地管辖有可能带来执法上的失衡

贪污、贿赂等职务犯，刑法规定以犯罪数额为主要量刑依据。由于目前我国各地经济发展水平相当不平衡，因而各地对职务犯罪案件量刑上所依据的数额规定也是有差异的，有时差异甚至还比较大。同样一个犯罪数额，在经济发展水平较高的省市也许只算一般情节，但放到经济发展水平低的省市就有可能被认定为数额较大甚至巨大。这样无形中就会导致量刑尺度上的差异和失衡。经济发达地区的犯罪被指定到经济欠发达地区异地管辖，被告人被判处的刑期可能比在原犯罪地要重，而经济欠发达地区的犯罪被指定到经济发达的地区管辖，被告人被判处的刑期可能比在原犯罪地要轻。地域经济发展不平衡问题而造成的对同等案件司法处理上的不同等，审判结果就会出现不平衡。