专利申请复审程序的审查流程包括形式审查、前置审查、合议审查和复审决定四个阶段。

当复审委员会收到复审请求书后，首先进行形式审查，经形式审查认为该请求符合专利法及其实施细则有关规定，专利复审委员会将向请求人发出"复审请求受理通知书"。对于不符合专利法及其实施细则有关规定需要补正的，专利复审委员会则发出"补正通知书"，要求请求人在收到通知书之日起两个月内补正或者陈述意见，期满未补正或者未陈述意见的，其复审请求被视为未提出，经补正或陈述意见仍不符合规定的，不予受理。

经形式审查合格后，专利复审委员会就会将其请求书(包括附具的证明文件和修改后的申请文件)连同原申请案卷一并送交作出驳回申请决定的原审查部门进行前置审查。前置审查的意见有三种可能:第一种是认为复审请求的理由成立，同意撤销原驳回决定;第二种是请求人提交的修改克服了原申请中存在的缺陷，同意在修改的基础上撤销原驳回决定;第二种是请求人陈述的意见提交的修改都不足以使原驳回决定被撤销，则坚持原驳回决定。如果原审查部门提出的意见属于前两种情况的，复审委员会将直接撤销原驳回决定，并通知复审请求人，由原审查部门继续审批程序。若原审查部门作出的决定属于第三种情况，复审委员会则成立合议组进行合议审查。

在合议审查过程中，合议组对复审请求书、申请案卷和原审查部门的前置审查意见进行全面的研究，在某些情况下合议组将会发出复审通知书，要求复审请求人在指定期限内陈述意见。请求人应在指定的答复期内给予答复，期满未答复的，该复审请求视为撤回。专利复审委员会进行复审后，认为原驳回决定不符合专利法和本细则有关规定的，或者认为经过修改的专利申请文件消除了原驳回决定指出的缺陷的，应当撤销原驳回决定，由原审查部门继续进行审查程序并通知专利申请人。经陈述意见或者进行修改后，专利复审委员会认为仍不符合专利法和本细则有关规定的，应当作出驳回复审请求、维持原驳回决定的复审决定。在该过程中请求人也可以向合议组提出口头审理的请求，经合议组同意后举行口头审理，当然合议组也可以根据需要进行口头审理，通知请求人按期参加。