可以去工程所在地或被告所在地人民法院起诉，管辖法院应该是区或者县人民法院，只要将起诉书提交人民法院，人民法院立案受理了，起诉程序就完成了。拖欠工程款属于民事纠纷，清欠办只负责农民工工资，所以应该在应付工程款之日起三年内到法院起诉。

拖欠工程款的危害

第一，影响建筑企业的生存与发展；

建筑施工企业本来就是一个劳动密集型的微利企业，在没有改革以前，我国建筑企业的法定利润只有2．5％到3％左右，进入市场后随着竞争的加剧，企业之间竞相压价，本已是步履为艰，加上拖欠工程款，更是苦不堪言；

第二，影响整个建筑市场不能正常运行；

第三，给工程质量和安全留下了隐患；

由于资金上的拮据，一些施工企业不得不在材料、工艺上下功夫，甚至建筑工人的一些必备安全措施也得不到保证；

第四，影响社会的稳定。

造成工程款被拖欠的原因是多方面的，首当其冲的是政府投资的项目。有些地方政府为了搞形象工程，没有钱硬上马，叫施工企业带资、垫资，但却无力归还。据前不久对7个城市和12家大中型建筑企业拖欠工程款的情况统计显示，截至2001年底，7个城市拖欠工程款达471．724亿元，其中政府工程拖欠工程款占13．36％；12家大中型建筑企业被拖欠工程款97．91亿元，其中政府工程拖欠工程款占47．78％。第二种情况是盲目上马，决策失误。投资方没有进行可行性研究，项目决策失误，资金不能回笼，造成拖欠。第三种是不按基建程序办事，搞“三边”工程，导致拖欠。第四种就是恶意拖欠。此外，也有少数是施工企业因合同不清及质量和工期上有纠纷造成拖欠。

国家制定的工程建设管理规定是为了规范我国的工程建设工作，避免我国的工程建设发生其他的问题。管理规定要求施工队伍在完成工程建设之后需要对工程建设的发包方提交工程款支付申请，以免发生工程款不进行支付的情况出现。所以，施工团队为了能够更好的维护自身利益，需要知道工程款支付申请表范本，做好申请工作。

《中华人民共和国民法典》第一百八十八条向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。

诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。