实质审查包括以下几个方面：

1、商标是否违背商标法的禁用条款。

2、商标是否具备法定的构成要素，是否具有显著特征。

3、商标是否与他人在同一种或类似商品上注册的商标相混同，是否与申请在先的商标及已撤销、失效并不满1年的注册商标相混同。

上述第1项禁用条款的审查，也叫拒绝商标注册的绝对理由的审查，是对商标合法性的审查；第2项是否具有显著特征的审查和第3项是商标的新颖性即是否与他人在先权利冲突的审查，也叫拒绝注册商标的相对理由的审查。

2001年修改后的商标法，在商标注册的审查和核准一章中增加了如下规定作为第31条：申请商标注册不得损害他人现有的在先权利，也不得以不正当手段抢先注册他人已经使用并有一定影响的商标。这一规定为制止利用商标法先申请原则抢先注册他人创设的商标的不正当竞争行为，提供了明确的法律依据。对于建立符合诚实信用商业道德和行业惯例的市场竞争环境大有必要。这一规定也是在总结商标法实施近二十年来的经验和教训作出的必然选择。但是，申请注册的商标是否损害了他人现有的在先权利，是否为他人已经使用并有一定影响的商标，申请人是否以不正当手段抢先注册，能否作为实质审查的内容?如果列为实质审查的内容，他人除商标权外的在先权利、未注册的商标均不可能在商标局备案，至于申请人是否为不正当抢注，从申请书件上则更难反映，如果列为实质审查的内容，商标局在技术上无法做到真正的实质性的审查。我们认为将法律这一规定作为在先商标使用人提出商标异议和提出撤销注册不当商标申请，对初步审定的商标及核准注册商标提出异议或要求撤销的理由比作为商标局实质审查的内容更为可行的。当然，既要堵住以不正当手段抢注他人商标的法律漏洞，又要保持先申请原则的严肃性。在总结经验的基础上，今后出台的商标法规应作精心设计。

注册申请经过实质审查，商标局认为申请注册的商标不符合商标法及其实施条例的规定或与他人在先注册或先申请的商标相混同的，驳回申请，发给申请人《驳回通知书》，简单陈述驳回理由，并将申请书及有关书件一并退回申请人或其代理人。

商标局如果认为商标注册申请虽有不符合规定之处，但可以修正的则发给《商标审查意见书》，限定修正时间。申请人在规定时间内未作修正或修改后仍不符合商标法规定的，驳回申请，发给申请人《驳回通知书》。

凡是经过实质审查，认为申请注册的商标符合商标法的有关规定并且有显著性的，予以初步审定，并予以公告。例如，美国NBA产业股份有限公司曾向商标局申请在计算机软件等类别上注册WOMENSNATIONALBASKETBALLASSOCIATION商标。商标局经过实质审查后驳回了申请，原因是该商标的中文名为国家女子篮球协会，它是从事体育活动单位的普通名称，而申请注册该商标的是美国NBA产业股份有限公司，两者之间存在不一致，容易使消费者对商品的出处产生混淆及误认，该商标不具有显著性的特征。另外，国家女子篮球协会由于是一个普通名称，如果作为注册商标独家占有，就可能有碍他人的正常使用。