妨害传染病防治罪的立案标准如下：

1、供水单位供应的饮用水不符合国家卫生标准；

2、拒绝按照疾病预防控制机构提出的卫生要求对传染病病原体污染的污水、污物和粪便进行消毒；

3、允许或者纵容传染病患者，病原体携带者和疑似传染病患者从事国务院卫生行政部门禁止的容易传播传染病的工作；

4、拒绝执行疾病预防控制机构根据传染病防治法提出的预防控制措施。

根据《中华人民共和国刑法》规定，犯本罪处三年以下有期徒刑或者拘役；后果特别严重的，处三年以上七年以下有期徒刑。

妨害国境卫生检疫罪与妨害传染病防治罪

两者存在诸多相同之处，如都妨害了社会管理秩序，都以违反有关行政法规的规定为前提，都有引起传染病传播或有传播严重危险的后果，犯罪主体均为一般主体，主观方面皆出自过失，等等。两罪的主要区别在于：

（1）犯罪的直接客体不同。前者侵犯的主要是国境卫生检疫的管理制度；而后者侵犯的是国家关于传染病防治的管理制度。

（2）违反的行政法规不同。前者违反的是国境卫生检疫法的有关规定；后者违反的是传染病防治法的有关规定。

（3）危害结果不同。前者引起了鼠疫、霍乱、黄热病、艾滋病等检疫传染病传播或者有传播严重危险；后者则是引起了鼠疫、霍乱等甲类传染病的传播或者有传播严重危险。

《中华人民共和国刑法》第三百三十条违反传染病防治法的规定，有下列情形之一，引起甲类传染病以及依法确定采取甲类传染病预防、控制措施的传染病传播或者有传播严重危险的，处三年以下有期徒刑或者拘役；后果特别严重的，处三年以上七年以下有期徒刑：

（一）供水单位供应的饮用水不符合国家规定的卫生标准的；

（二）拒绝按照疾病预防控制机构提出的卫生要求，对传染病病原体污染的污水、污物、场所和物品进行消毒处理的；

（三）准许或者纵容传染病病人、病原携带者和疑似传染病病人从事国务院卫生行政部门规定禁止从事的易使该传染病扩散的工作的；

（四）出售、运输疫区中被传染病病原体污染或者可能被传染病病原体污染的物品，未进行消毒处理的；

（五）拒绝执行县级以上人民政府、疾病预防控制机构依照传染病防治法提出的预防、控制措施的。

单位犯前款罪的，对单位判处罚金，并对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员，依照前款的规定处罚。

甲类传染病的范围，依照《中华人民共和国传染病防治法》和国务院有关规定确定。