法院处理阴阳合同要根据合同的涉案情节来进行认定，法院一般会根据案件具体分析阴阳合同的标的额或者所涉及的财产利益，不同情况有不同的处理方式，一般法院会按以下两种办法处理：

1、合同需要备案的，以备案的合同为准，这是一般原则；

2、如果签订的两份合同，按照规定，既不需要批准，也无须备案，则以实际履行的合同为准。

《中华人民共和国民法典》第五百零九条，当事人应当按照约定全面履行自己的义务。

当事人应当遵循诚信原则，根据合同的性质、目的和交易习惯履行通知、协助、保密等义务。

当事人在履行合同过程中，应当避免浪费资源、污染环境和破坏生态。

一、合同纠纷的诉讼管辖

1．因合同纠纷提起的诉讼，如果合同没有实际履行，当事人双方住所地又都不在合同约定的履行地的，应由被告住所地人民法院管辖。

2．购销合同的双方当事人在合同中对交货地点有约定的，以约定的交货地点为合同履行地；没有约定的，依交货方式确定合同履行地：采用送货方式的，以货物送达地为合同履行地；采用自提方式的，以提货地为合同履行地；代办托运或按木材、煤炭送货办法送货的，以货物发运地为合同履行地。

购销合同的实际履行地点与合同中约定的交货地点不一致的，以实际履行地点为合同履行地。

3．加工承揽合同，以加工行为地为合同履行地，但合同中对履行地有约定的除外。

4．财产租赁合同、融资租赁合同以租赁物使用地为合同履行地，但合同中对履行地有约定的除外。

5．补偿贸易合同，以接受投资一方主要义务履行地为合同履行地。

6．《民事诉讼法》第二十五条规定的书面合同中的协议，是指合同中的协议管辖条款或者诉讼前达成的选择管辖的协议。

7．合同的双方当事人选择管辖的协议不明确或者选择《民事诉讼法》第二十五条规定的人民法院中的两个以上人民法院管辖的，选择管辖的协议无效，依照《民事诉讼法》第二十四条的规定确定管辖。

8．因保险合同纠纷提起的诉讼，如果保险标的物是运输工具或者运输中的货物，由被告住所地或者运输工具登记注册地、运输目的地、保险事故发生地的人民法院管辖。

9．因产品质量不合格造成他人财产、人身损害提起的诉讼，产品制造地、产品销售地、侵权行为地和被告住所地的人民法院都有管辖权。

10．铁路运输合同纠纷及与铁路运输有关的侵权纠纷，由铁路运输法院管辖。