1、贷款利率不同：

公积金贷款5年以上贷款利率为3.25%，产生的总利息低。商业贷款，无折扣的情况下贷款利率为4.9%，贷款的总利息比较高。

2、贷款的额度不同：

公积金的贷款额度受个人公积金缴存年限、余额的限制，此外，政策还规定了公积金的高可贷款额度;商业贷款的贷款额度比公积金的贷款额度高。

3、贷款的条件不同：

商业贷款的要求是个人信用良好，没有不良征信记录，具备还款能力。只要是购买房屋，不管是普通住宅还是商住楼、别墅、写字楼，都可以采用商业贷款。

采用公积金贷款，也要求个人的信用良好，此外还有要求，就是自贷款之日起前6个月，个人的公积金账户须是连续正常且足额缴纳的。公积金贷款仅针对购买普通住宅的家庭，别墅等非普通住宅、商住楼等非住宅，是不可以使用公积金贷款的。

此外，个人有公积金贷款未结清，不能再采用公积金贷款和组合贷款;而有商业贷款未结清，除开限购限贷因素外，还可以再采用商业贷款买房。还有一个问题就是，在很多城市买房，公积金异地贷款受到限制，而商业贷款，则可以不受地方的限制。

4、贷款流程的繁简不同：

商业贷款的流程相对简单，在银行申请商业贷款后，贷款很快就能发放下来。

公积金贷款的流程复杂，必须先到住房资金管理中心进行申请，中心进行审核后开始办理贷款，从申请到贷款发放，时间比较久。

5、资金来源不同：

住房公积金管理中心的资金来源于职工个人及所在单位缴存的住房公积金，可以简单理解为“取之于民，用之于民”。

商业贷款是以房产作为抵押物，向银行等金融机构获得一次性借款的交易。

一、没还清商贷公积金贷款如何处理

可以。一般来说，商业贷款和住房公积金贷款是两种不同的购房贷款方式，他们之间是相互比较独立的，一方的变动并不会对另外一方产生多么严重的影响。所以，如果你的第一套房是商业贷款，那么对于你第二套房是不是采用住房公积金贷款是没有影响的，即使第一套房的商业贷款没有还清也是没什么影响的。商贷转公积金贷款，借款人应同时符合下列7个条件：符合本市住房公积金贷款申请条件；借款人必须是原住房贷款的借款人或配偶(需为买受人)；原商业性购房贷款未结清且银行同意借款人提前结清贷款；原商业性购房贷款还款一年(含)以上、信用记录良好且无逾期贷款余额；所购房产已取得当地房地产登记部门出具的房屋所有权证，且为钢混结构；所购房产可以设定抵押权的商业贷款可以转公积金贷款；未申请过住房公积金贷款的。