商业秘密在大企业中往往较多，在中小企业则可能较少。企业对商业秘密的保护也有一个分层次管理的问题。重要的、能带来较大收益的商业秘密，必须付出较大的成本予以保护，次要的商业秘密则可酌情采取低成本的保护方法。

以经济手段保护商业秘密，主要包括下列三个层次：（1）用分配方法来保护商业秘密。即对接触、使用企业商业秘密的职工，给予较优厚的工资、奖金待遇，若有可能，再辅之以必要的雇佣合同，写明一旦享受特殊津贴，则应负有相应的保密义务；（2），可以用长期化劳动契约来保护商业秘密。在人员流动比较普遍的今天，这一方法更具有重要作用。劳动契约长期化，可以使关键岗位（接触、掌握商业秘密）的职工，由于收益长期化的预期，而留在岗位上。如果再辅之以较优厚的工资、奖金，对增强企业重要职工保护商业秘密的责任感会更有作用。（3）以某种产权安排，来保护商业秘密。比如，允许商业秘密的发明人，接触、掌握商业秘密的人拥有部分股权，成为企业的股东，使之与企业形成休戚相关的命运共同体。在发达国家的许多企业里，正是这么做的。日本许多中小企业中的掌握和从事关键技术、工艺的职工，往往是基干社员（一般不予解雇，终身雇拥的职工）或是企业的股东，其用意是既防止人才流失，又防止商业秘密外泄。我国高新技术开发区的某些高新技术企业以及南方的部分企业中已开始了这方面尝试。

究竟在分配、劳动契约长期化、产权安排之间做何选择，要视企业的具体情况和商业秘密的存在形态、收益大小而定。一般来说，为保护商业秘密而做出了产权安排，企业付出的成本要大一些。但是，从长远来看，为了保护对企业至关重要的商业秘密，这样做还是值得的。目前，相当一部分高新技术企业并未从产权安排的角度去保护商业秘密，是高新技术企业人员跳槽不断，企业技术诀窍、新产品被别的企业窃取、仿冒的重要原因之一。其实从某种意义上讲，对技术发明人给以一定的股份，是市场经济中的按劳分配原则的体现。在知识技术密集型的企业中，由于技术对资本、劳动等其他生产要素，相对来说，有更重要的意义，就更需要精心做出一定的产权安排。实际上，美日等国的实践证明，高新技术企业崛起之初，产权安排往往决定了企业的命运。