一般按两种办法处理，一种是根据规定，合同需要备案的，以备案的合同为准，这是一般原则;但是如果备案的合同没有实际履行，而实际履行的合同中有违法利益，则价格以实际履行的合同为准，其余按照备案的合同约定，备案合同未约定的，而阴合同又有相关内容的按阴合同的约定执行。另一种是如果签订的两份合同，按照规定，既不需要批准，也无须备案，则以实际履行的合同为准。有的法院判例则以时间在后的合同价为准。除非有证据证明前一份合同价是为规避纳税及骗取贷款等原因而签订的虚假价格。但是要特别注意是，这个举证责任是由提出异议方来承担的，也就是说，谁认为前一份合同是虚假的，谁就应当承担这个举证责任。

一、建筑工程黑白合同是什么意思

建筑工程中的黑白合同，是指承包方与发包方出于某种目的就同一建设工程订立两份实质内容不同的合同，其中“白合同”是符合招投标文件要求签订并备案的中标合同，中标通知书具有法律效力；而“黑合同”是承包方与发包方双方私下签订的合同，也是双方实际履行的协议。根据司法解释规定，若两份合同实质性内容不一致，以备案合同为准，建筑工程中的招标人和中标人不得再订立背离已备案合同实质内容的其他合同或协议。

二、补充合同与主合同结算单价不一致怎么办？

施工合同是需要备案的，那要是建设施工合同和'补充协议'不一致时,应当按照哪个标准进行结算呢?依据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第21条的规定，“当事人就同一建设工程另行订立建设工程施工合同与经过备案的中标合同实质性内容不一致的，应当以备案中标合同作为结算工程价款的根据”。这是“黑白合同”应当以白合同进行结算的基本原则。应当注意的是，不是必须招投标的工程项目，但是，当事人按照招投标的程序进行了招投标，签订了施工合同并进行了备案，此后双方又签订了黑白合同，也应当适用《司法解释》第21条关于以备案合同进行结算的规定。因此，在主合同和补充合同结算不一样时，应该看主合同和补充协议对此是怎么约定的，按约定处理即可，若未约定以哪份为准，一般以补充协议为准，若补充协议的签订存在违法的情形，则以主合同为准。