行政赔偿诉讼程序是指人民法院受理和受理行政赔偿请求的程序，是一种特殊的行政诉讼。受害人可以在提起行政诉讼时一并提出赔偿要求即提起行政赔偿诉讼，也可以在行政复议机关作出决定或者赔偿义务机关作出决定之后，向法院提起行政赔偿诉讼。根据行政诉讼法和国家赔偿法规定;我国行政赔偿诉讼适用行政诉讼程序，属于行政诉讼中的一个特殊类别。

一、国家赔偿两个时效之间的关系

国家赔偿两个时效，即请求时效和起诉期限，都属于时效制度中的消灭时效范畴。所不同的是，超过民法典规定的诉讼时效期间，消灭的是原告的诉权中的胜诉权，而不是起诉权。而超过行政诉讼法和国家赔偿法规定的起诉期限，消灭的是原告的诉权中的起诉权附带胜诉权，由于起诉权是胜诉权赖以存在的基础，胜诉权是依附于起诉权而存在，如起诉权丧失，则胜诉权即不存在。超过国家赔偿法规定的请求时效期间，消灭的是赔偿请求人在实体法意义上的获偿权，而不是指程序法意义上的申请权。国家赔偿法规定的请求时效和起诉期限都是为了保护赔偿请求人的合法权益而由法律设定的救济途径和期限，且均应由赔偿请求人提起。但两者又有下列区别：

1、两者在性质上不同。请求时效是指赔偿请求人向赔偿义务机关(包括行政机关和司法机关)请求国家赔偿的时间期限；起诉期限是指赔偿请求人对行政机关作为赔偿义务机关作出的行政赔偿行为或者不予赔偿行为不服提起行政诉讼的时间期限。

2、两者在适用范围和对象上不同。请求时效只能在刑事赔偿程序和单独请求行政赔偿程序中对赔偿义务机关(包括行政机关和司法机关)请求国家赔偿时适用；起诉期限只能在行政赔偿程序中对行政机关单独请求行政赔偿或者一并提起行政赔偿的诉讼中适用。

3、两者在行政赔偿程序中的适用存在先后顺序。在行政赔偿程序中时效适用的先后顺序上，请求时效前置，必须首先适用，才能引起起诉期限的启动(在一并提出行政赔偿请求的行政诉讼中除外)。

4、两者的时效期间不同。请求时效的期间较长，在没有时效中止的情况下是两年；起诉期限的期间较短，在没有特殊的情况下是三个月。

5、两者在超期后的法律效果不同。超过请求时效的，赔偿请求人丧失请求权中实体法意义上的获偿权，而不丧失程序法意义上的申请权；超过起诉期限的，赔偿请求人丧失的是程序法意义上的起诉权附带胜诉权，起诉权丧失，则实体法意义上的胜诉权不复存在。

6、法院对两者超期后的处理方式不同。超过请求时效的，行政机关为赔偿义务机关的，法院应判决驳回赔偿请求人的诉讼请求，司法机关为赔偿义务机关的，法院应决定驳回赔偿请求人的赔偿请求；超过起诉期限的，法院应裁定不予受理或者驳回起诉。

二、行政赔偿诉讼起诉期限是多久

国家赔偿法对于单独提起行政赔偿诉讼诉讼和在行政诉讼时一起提出赔偿请求的，诉讼时效的计算方式和规定是不同的。

单独提起行政赔偿诉讼的最长期限为二年零五个月，在提起行政诉讼的同时一并提出行政赔偿请求的，起诉期限为两年。