检察院对案件进行审查后，在证据不足的情况下作出不起诉决定的，依据具体的案件可以作出以下的处理：1、如果是公安机关移送的案件，公安机关认为检察机关不起诉决定有错误的，是可以申请复议的，如果检察机关复议后仍然不起诉的，公安机关可以在收到复议决定书后，连同相关的材料向上级检察机关申请复核。2、如果公安机关认同检察机关不起诉决定的，犯罪嫌疑人被公安机关采取强制措施的，公安机关应该立即解除刑事强制措施，释放在押的当事人。3、公安机关收到不起诉决定后，公安机关认为要追究刑事责任的，是可以继续对案件进行侦查的，在收集到新证据的情况下，可以再将案件材料移送到检察机关，请求检察机关提起公诉。通过上述的分析，检察机关在证据不足的情况下，是可以作出不起诉决定的，如果公安机关或者案件的被害人对不起诉决定不服的，是可以申请复议或者复核的，而公安机关可以进行补充的侦查。关于证据不足的问题，在民事案件和刑事案件均可能存在。不过，由于案件的类型不同，实际对证据不足的处理方式也不一样。其中，如果是属于刑事案件，法院会认定证据不足，无罪释放。但要是属于民事案件，法院会驳回原告诉讼请求。

检察院起诉流程

根据《刑事诉讼法》《人民检察院刑事诉讼规则》的相关规定。人民检察院审查起诉的流程大致如下：

（1）审查受理侦查机关移送的审查起诉的案件；

（2）如果证据或其他材料不足的要求补充材料或者补充侦查；

（3）对审查的案件，根据不同情形作出提起公诉或不起诉的决定。

如果司法机关发现了任何的违法行为后当事人也是可以为自己的罪行进行辩护的，那么在进行辩护时可以通过自行辩护、委托律师进行辩护等方式的，在进行辩护时辩护律师必须清楚影响量刑的各个因素并收集有利于被告人量刑的证据，从而有效的开展罪轻辩护的。

《刑事诉讼法》第一百七十五条

人民检察院审查案件，可以要求公安机关提供法庭审判所必需的证据材料；认为可能存在本法第五十六条规定的以非法方法收集证据情形的，可以要求其对证据收集的合法性作出说明。

人民检察院审查案件，对于需要补充侦查的，可以退回公安机关补充侦查，也可以自行侦查。

对于补充侦查的案件，应当在一个月以内补充侦查完毕。补充侦查以二次为限。补充侦查完毕移送人民检察院后，人民检察院重新计算审查起诉期限。

对于二次补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉的决定。