根据《国家税务总局关于土地使用者将土地使用权归还给土地所有者行为营业税问题的通知》(国税函[2008)277号)，纳税人将土地使用权归还给土地所有者时，只要出具县级(含)以上地方人民政府收回土地使用权的正式文件，无论支付征地补偿费的资金来源是否为政府财政资金，该行为均属于土地使用者将土地使用权归还给土地所有者的行为，按照《国家税务总局关于印发(营业税税目注释(试行稿))的通知》(国税发[1993]149号)规定，不征收营业税。另据《国家税务总局关于政府收回土地使用权及纳税人代垫拆迁补偿费有关营业税问题的通知》(国税函[2009]520号)，国税函[2008]277号中关于县级以上(含)地方人民政府收回土地使用权的正式文件，包括县级以上(含)地方人民政府出具的收回土地使用权文件，以及土地管理部门报经县级以上(含)地方人民政府同意后由该土地管理部门出具的收回土地使用权文件。苏地税函[2009]247号转发国税函[2009]520号时，规定土地管理部门是指县级以上地方人民政府土地行政主管部门，不包括土地行政主管部门下设的土地储备机构。

一、政府收回土地使用权各税种如何征收？

1、土地增值税方面，据《中华人民共和国土地增值税暂行条例》第八条，因国家建设需要依法征用、收回的房地产免征土地增值税。《中华人民共和国土地增值税暂行条例实施细则》第十一条，因国家建设需要依法征用、收回的房地产，是指因城市实施规划、国家建设的需要而被政府批准征用的房产或收回的土地使用权。因城市实施规划、国家建设的需要而搬迁，由纳税人自行转让原房地产的，比照本规定免征土地增值税。另据《财政部国家税务总局关于土地增值税若干问题的通知》(财税[2006]21号)规定，因“城市实施规划”而搬迁，是指因旧城改造或因企业污染、扰民(指产生过量废气、废水、废渣和噪音，使城市居民生活受到一定危害)，而由政府或政府有关主管部门根据已审批通过的城市规划确定进行搬迁的情况；因“国家建设的需要”而搬迁，是指因实施国务院、省级人民政府、国务院有关部委批准的建设项目而进行搬迁的情况。符合上述免税规定的单位和个人，须向房地产所在地税务机关提出免税申请，经税务机关核准后，免予征收土地增值税。

2、企业所得税方面，因政府城市规划、基础设施建设等政策性原因，企业需要整体搬迁(包括部分搬迁或部分拆除)或处置相关资产而按规定标准从政府取得的搬迁补偿收入或处置相关资产而取得的收入，以及通过市场(招标、拍卖、挂牌等形式)取得的土地使用权转让收入，按照《国家税务总局关于企业政策性搬迁或处置收入有关企业所得税处理问题的通知》(国税函[2009]118号)文件执行。主管税务机关对企业取得的政策性搬迁收入和原厂土地转让收入，重点审核有无政府搬迁文件或公告，有无搬迁协议和搬迁计划，有无企业技术改造、重置或改良固定资产的计划或立项，是否在规定期限内进行技术改造、重置或改良固定资产和购置其他固定资产等。

3、印花税方面，根据《财政部国家税务总局关于印花税若干政策的通知》(财税[2006]162号)，对土地使用权出让合同、土地使用权转让合同按产权转移书据征收印花税。政府收回土地使用权不属于土地使用权出让、土地使用权转让，因此，合同双方不需要缴纳产权转移书据印花税。