人民检察院两次退补后，证据仍不足，应当作出不起诉决定。人民检察院审查案件，对于需要补充侦查的，可以退回公安机关补充侦查，公安机关经过两次补充侦查后，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉的决定，并且将送达被不起诉人和他的所在单位，被不起诉被羁押的，应当立即释放。

一、检察院在什么情况可以不起诉

检察院不起诉有三种情形：

1、证据不足不起诉：对于二次补充侦查的案件,人民检察院仍然认为证据不足,不符合起诉条件的,应当作出不起诉的决定。

2、法定不起诉：犯罪嫌疑人没有犯罪事实，或者有《刑法》第十六条的情形之一的，人民检察院应当作出不起诉决定。

3、酌定不起诉：对于犯罪情节轻微,依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的，人民检察院可以作出不起诉决定。

二、证据不足被抓的案子怎么处理？

根据法律规定，在刑事诉讼中，公安机关侦查终结的案件，一律由人民检察院审查决定是否起诉。人民检察院审查案件，对于需要补充侦查的，可以退回公安机关补充侦查，也可以自行侦查。补充侦查以二次为限。对于二次补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉的决定。如果被不起诉人在押，应当立即释放。

三、收到检察院的不起诉书是否就代表没事了

收到检察院的不起诉书不代表以后就没事了。只是我国主张的是疑罪从无，法院没有判决，不会有犯罪记录的，检察院不起诉的案子一般都是可以不追究刑事责任或者证据不足的案子。不起诉决定书是指人民检察院对侦查终结的刑事案件经审查后，认为依法不应追究犯罪嫌疑人的刑事责任、不需要判处刑罚或免除刑罚的或者经退回补充侦查仍证据不足的，作出不将犯罪嫌疑人移送人民法院进行审判的决定时所制作的法律文书。适用不起诉决定的案件主要有以下三种情况：

1、对于补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，可以作出不起诉的决定；

2、有下列情形之一的也不起诉：

（1）情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪的；

（2）犯罪已过追诉时效期限的；

（3）经特赦令免除刑罚的；

（4）依照刑法告诉才处理的犯罪，没有告诉或者撤回告诉的；

（5）犯罪嫌疑人、被告人死亡的；

（6）其他法律规定免予追究刑事责任的。

3、依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的，人民检察院可以作出不起诉决定。