两者的区别有：

1、设立协议和公司章程的效力期间不同，设立协议生效于公司成立前，公司章程生效于公司成立后；

2、设立协议不是公司设立的必要法律文件；而公司章程是公司设立必备的法律文件，任何公司登记成立都必须提交公司章程；

3、设立协议是不要式法律文件；公司章程是要式法律文件。

一、公司设立登记的程序是怎样规定

设立有限责任公司一般应经过如下程序：

1、发起人发起。这是设立有限责任公司的预备阶段，由发起人明确设立公司的意向，并作出必要准备。

2、公司名称的预先核准。在设立有限责任公司时，应向公司登记机关申请拟设立公司的名称的预先核准。只有待名称获得核准后，再进行设立公司的后续行为。

3、制定公司章程。公司章程应当由全体发起人共同商议起草，并经全体股东共同同意通过方可生效。全体股东应当在公司章程上签名、盖章。

4、必要的审批手续。如果设立的有限责任公司是法律、行政法规规定需要报经批准的有限责任公司，则应当按照法律、行政法规的规定履行必要的批准手续。

5、缴纳出资。股东按照公司章程记载的出资额、出资时间、出资方式及时缴纳出资。未按照约定交付出资，按时出资的股东和公司可以追究该股东的责任。

6、申请设立登记。由全体股东指定的代表或者共同委托的代理人向公司登记机关报送公司登记申请书、公司章程等文件，申请设立登记。法律、行政法规规定需要经审批的，还需要提交批准文件。

8、登记发照。公司登记机关对设立登记申请进行审查，对符合公司法规定条件的，予以登记，发给营业执照。营业执照签发之日为有限责任公司成立之日，公司取得法人资格，开始对外开展生产经营活动。

二、注册公司流程具体是什么

注册公司流程有以下五步：

1、公司法定代表人签署的公司设立登记申请书；

2、法人股东资格证明或者自然人股东身份证及其复印件；

3、住所使用证明，公司准名称，核名通过，失败则需重新核名；

4、去工商局递交申请材料。收到准予设立登记通知书；

5、领取营业执照；凭营业执照，到公安局指定刻章点办理即可。

股东认足公司章程规定的出资后，由全体股东指定的代表或者共同委托的代理人向公司登记机关报送公司登记申请书、公司章程等文件，申请设立登记。

三、公司设立与公司成立之间的区别

公司设立与公司设立的区别：

1、概念不同；前面已经提到了公司设立的概念。公司成立是指公司本质上依照公司法组织设立，完成设立登记申请程序，经登记机关审核发给许可证，取得法人资格的状态；

2、性质不同；公司的设立是组织公司发起人的设立行为，包括法律行为和非法律行为；有民事法律行为和被动行政法律行为。公司的成立不是一种行为，而是指公司取得法人资格的状态，是公司合法身份的表现形式；

3、效果不同。公司成立后，可以取得公司法人人格和公司名称的排他使用权，而公司没有上述人格和权利。