由于商业秘密容易被侵犯，而且发生纠纷后举证困难，因而商业秘密的保护应以预防为主。所谓知己知彼，百战不殆，要想做好企业商业秘密的保护工作，首先应当对侵害商业秘密的方式有所了解。我国《反不正当竞争法》第十条列举了侵害商业秘密的几种方式：（一）以盗窃、利诱、胁迫或者其他不正当手段获取权利人的商业秘密；（二）披露、使用或者允许他人使用以前项手段获取的权利人的商业秘密；（三）违反约定或者违反权利人有关保守商业秘密的要求，披露、使用或者允许他人使用其所掌握的商业秘密。第三人明知或者应知前款所列违法行为，获取、使用或者披露他人的商业秘密，视为侵犯商业秘密。《反不正当竞争法》对于侵害商业秘密的方式做了较为全面的规定，但并不完善，比如，公务人员依法接触企业的商业秘密后，应负有保密义务，若不正当使用或允许他人使用或披露，理应承担侵权责任。实践中，常见的侵害企业商业秘密的方式主要是以下几种，应当引起企业的高度重视：

1、掌握企业商业秘密的员工不正当泄漏企业商业秘密。员工泄漏企业商业秘密，不仅包括在职期间将企业技术资料、客户名单、标书内容等透露给第三方，也包括员工与原任职企业解除劳动关系一定期间内将就职期间掌握的企业秘密透露给新雇主或其他第三方；

2、企业交易相对方不正当使用或者披露企业商业秘密。企业在进行技术转让、技术实施许可、兼并收购等业务的情况下，存在将自己的商业秘密，交由对方研究、论证的需要，在加工承揽业务中存在告知加工方工艺流程、技术图纸的需要，在这些情况下，这些受密者可能因利益驱动而侵害企业的商业秘密；

3、商业秘密权利人的合作伙伴不正当侵害权利人的商业秘密。为了扩大市场份额，加强市场地位，企业间可能形成各种形式的合作关系，比如合伙、联营、相互持股等。在合作中，合作双方间的信赖多于一般的市场主体，接触极为密切，合作相对方有较多的机会接触到权利人的商业秘密，当合作关系出现裂痕甚至在合作进行过程中都有可能出现合作方侵害权利人商业秘密的情形。

为了保护自己的正当权利，企业作为商业秘密的权利人，首先应当健全自身的管理，为商业秘密的保护筑起一道防火墙。事实上，企业对商业秘密的自我保护，是商业秘密保护中最重要的一环，因为企业对商业秘密的保护是一种事先的、积极的保护，并且从商业秘密的构成要件所要求的保密性看，没有企业的自我保护，企业主张商业秘密是不能成立的。具体而言，企业应从以下几个方面着手加强商业秘密的保护：

1、健全企业管理规章、员工手册。在企业规章或者员工手册中应当加入有关商业秘密保护的条款，具体内容应当包括保密事项、员工义务、违约罚则等方面；

2、加强对员工的培训。企业的培训不仅要让员工认同企业的文化、增强业务能力，也应当增强员工的保密和契约意识，认识到保守企业秘密是应尽义务，违反该义务要承担法律责任；

3、建立专项保密责任制。当企业进行技术项目的研发时（包括委托研发），应当与相关研发人员及可能的受密者签订保密协议，并责成项目相关负责人对于所研发项目负担尽力保密的义务；

4、保密协议的运用。保密协议既是企业维护商业秘密的主要方法，通常也是追究侵权人责任的依据。签订保密协议一方面是对内的，比如与企业内部员工签订保密协议，这种保密协议多见于企业与职工签订的劳动合同中；另一方面，是与交易相对方和合作方签订保密协议，要求受密的相对方和合作方不得未经允许披露、使用、允许他人使用权利人的商业秘密。此外，企业应当保留开发、研究、取得作为商业秘密的技术信息和经营信息的各种原始资料，一旦发生诉讼，企业首先需要证明的就是企业为商业秘密的合法所有人，如果原始资料丧失，公司主张权利的依据将不复存在；限制接触商业秘密的雇员人数且定期重新评估需要接触商业秘密的雇员名单，并作调整；在涉及商业秘密的文件上注明机密或商业秘密字样，当载有商业秘密的文件转移时，应当加封。

最后，当出现或者有可能出现侵害权利人商业秘密的情形时，企业应积极部署应对措施，比如，对提出辞职的员工从关键岗位上调离；对于跳槽的员工应当立即收回保密文件和各种实物、技术图纸、客户名单等，并对可能损害本单位利益者发出警告，告之不得利用商业秘密，必要时向接受单位发出信函，使接受单位知悉其工作性质、业务范围，并密切注意市场动向，判断接收单位是否侵犯了本单位的商业秘密。若侵害已发生，应尽快了解侵权人知道多少商业秘密内容，并向侵害者发出通知，告知其侵权的性质和后果，必要的情况下，可以与竞争企业进行接触和谈判，一方面表明企业维权的决心，另一方面，探询解决争端的最佳方式。