买卖合同逾期三天还是要扣除违约金的，因为尽管是违约一天也算是违反了买卖合同的，必须要承担相应的违约责任。合同是双方具有合意达成的协议，以意思自治为原则，因此，如果在合同中没有约定，当事人也没有追究责任，是不需要支付违约金的。但是反之就需要支付违约金。

(一)合同没有约定违约责任

《最高人民法院关于审理买卖合同纠纷案件适用法律问题的解释》第24条第4款规定“买卖合同没有约定逾期付款违约金或者该违约金的计算方法，出卖人以买受人违约为由主张赔偿逾期付款损失的，人民法院可以中国人民银行同期同类人民币贷款基准利率为基础，参照逾期罚息利率标准计算”。

由此看来，我国法律关于逾期付款的违约责任的原则是“没约定，就法定”。如果双方当事人有约定则从其约定，如果没有约定违约金或者没约定违约金的计算方法，则出卖人可以中国人民银行同期同类人民币贷款基准利率为基础，参照逾期罚息利率标准要求买受人支付逾期付款利息。

(二)合同明确约定了逾期付款的违约责任

《民法典》第五百八十五条

【违约金】当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。

约定的违约金低于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以增加;约定的违约金过分高于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当减少。

当事人就迟延履行约定违约金的，违约方支付违约金后，还应当履行债务。

一、逾期付款的利息损失的计算标准是什么

相关司法解释规定：对于合同当事人没有约定逾期付款违约金标准的，人民法院可以参照中国人民银行规定的金融机构计收逾期贷款利息的标准计算逾期付款违约金。中国人民银行调整金融机构计收逾期贷款利息的标准时，人民法院可以相应调整计算逾期付款违约金的计算标准。当事人对欠付工程价款利息计付标准有约定的，按照约定处理；没有约定的，按照中国人民银行发布的同期同类贷款利率计息。商品房买卖合同没有约定违约金数额或者损失赔偿额计算方法，违约金数额或者损失赔偿额可以参照以下标准确定：逾期付款的，按照未付购房款总额，参照中国人民银行规定的金融机构计收逾期贷款利息的标准计算。逾期贷款(借款人未按合同约定日期还款的借款)罚息利率由现行按日万分之二点一计收利息，改为在借款合同载明的贷款利率水平上加收30%-50%。因此，违约责任和合同债务的关系可以归结为：债务是责任发生的前提，责任是债务不履行的结果。