一、从承运货物时起，至货物交付收货人或依照有关规定处理完毕时止，货物发生灭失、短少、变质、污染、损坏，按下列规定赔偿：

(一)已投保货物运输险的货物，由承运人和保险公司按规定赔偿;

(二)保价运输的货物，由承运人按声明价格赔偿，但货物实际损失低于声明价格的按实际损失赔偿;

(三)除上述一、二两项外，均由承运人按货物的实际损失赔偿。赔偿的价格如何计算，由铁道部商国家物价局、国家工商行政管理局另行规定。

二、由于下列原因之一造成的货物灭失、短少、变质、污染、损坏，承运人不负赔偿责任：

(一)不可抗力;

(二)货物本身性质引起的碎裂、生锈、减量、变质或自燃等;

(三)国家主管部门规定的货物合理损耗;

(四)托运人、收货人或所派押运人的过错。

六、如果托运人或收货人证明损失的发生确居承运人的故意行为，则承运人除按规定赔偿实际损失外，由合同管理机关处其造成损失部分10%至50%的罚款。

《增值税暂行条例实施细则》第四条规定，单位或者个体工商户的下列行为，视同销售货物：

(一)将货物交付其他单位或者个人代销;

(二)销售代销货物;

(三)设有两个以上机构并实行统一核算的纳税人，将货物从一个机构移送其他机构用于销售，但相关机构设在同一县(市)的除外;

(四)将自产或者委托加工的货物用于非增值税应税项目;

(五)将自产、委托加工的货物用于集体福利或者个人消费;

(六)将自产、委托加工或者购进的货物作为投资，提供给其他单位或者个体工商户;

(七)将自产、委托加工或者购进的货物分配给股东或者投资者;

(八)将自产、委托加工或者购进的货物无偿赠送其他单位或者个人。

第二十四条规定，条例第十条第(二)项所称非正常损失，是指因管理不善造成被盗、丢失、霉烂变质的损失。

《增值税暂行条例》第十条规定，下列项目的进项税额不得从销项税额中抵扣：

(一)用于非增值税应税项目、免征增值税项目、集体福利或者个人消费的购进货物或者应税劳务;

(二)非正常损失的购进货物及相关的应税劳务;

(三)非正常损失的在产品、产成品所耗用的购进货物或者应税劳务;

(四)国务院财政、税务主管部门规定的纳税人自用消费品;

(五)本条第(一)项至第(四)项规定的货物的运输费用和销售免税货物的运输费用。

《发票管理办法》第三条规定，本办法所称发票，是指在购销商品、提供或者接受服务以及从事其他经营活动中，开具、收取的收付款凭证。

根据上述规定，取得的赔偿收入，不符合增值税视同销售情形，不因开具销售货物增值税发票给运输公司，对于收取赔偿款开具收款收据即可。对于运输过程中发生非正常损失，需要进行进项税转出处理。

《企业会计准则应用指南》“附录”会计科目和主要账务处理规定：

1901待处理财产损溢

一、本科目核算企业在清查财产过程中查明的各种财产盘盈、盘亏和毁损的价值。

物资在运输途中发生的非正常短缺与损耗，也通过本科目核算。

三、待处理财产损溢的主要账务处理。

(一)盘亏、毁损的各种材料、产成品、商品、生物资产等，盘亏的固定资产，借记本科目，贷记“原材料”、“库存商品”、“消耗性生物资产”、“固定资产”等科目。材料、产成品、商品采用计划成本(或售价)核算的，还应同时结转成本差异(或商品进销差价)。涉及增值税的，还应进行相应处理。

(二)盘亏、毁损的各项资产，按管理权限报经批准后处理时，按残料价值，借记“原材料”等科目，按可收回的保险赔偿或过失人赔偿，借记“其他应收款”科目，按本科目余额，贷记本科目，按其借方差额，借记“管理费用”、“营业外支出”等科目。

根据上述规定，物资在运输途中发生的非正常短缺与损耗，通过“待处理财产损溢”进行会计处理，按可收回的保险赔偿或过失人赔偿，记入“其他应收款”，差额，记入“营业外支出”。相关会计分录如下：

借：待处理财产损益

贷：原材料(库存商品)

或应交税费/应交增值税/进项税额转出

借：营业外支出

其他应收款

贷：待处理财产损益

收到赔偿时：

借：银行存款

贷：其他应收款