由人民检察院决定。人民检察院审查起诉案件，认为犯罪嫌疑人的犯罪事实已经查清，证据确实、充分，依法应当追究刑事责任的，应当作出起诉决定，按照法院审判管辖的规定，向人民法院提起公诉。认为不具备起诉条件的，应当作出不起诉决定。

一、不起诉决定的情形有哪些

1、人民检察院经审查后认为没有犯罪事实或者依法不应追究刑事责任的，应当作出不起诉的决定。比如在侦查当中把事实搞错了，或者对法律理解有误，把不属于犯罪的情况当作犯罪来追究，或者把无辜的人误认为是犯罪嫌疑人，也有的是因为行为人是精神病人或不满14周岁的未成年人，依照法律规定不能追究刑事责任，等等，人民检察院应当作出不起诉的决定。

2、人民检察院对于退回补充侦查的案件，仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，可以作出不起诉决定。人民检察院审查起诉案件，对于证据不足，事实不清的，应当退回公安机关补充侦查或者自行侦查，一般情况下，检察院不应当不经过补充侦查的程序而直接作出不起诉的决定。只有经过补充侦查后，仍然证据不足，才可以作出不起诉的决定，比如经过补充侦查，仍然缺乏定罪的主要证据或基本的证据，或者定罪的证据存在疑问，又无法查证属实，各种证据之间有矛盾，不能合理排除，有可能得出其他结论的，等等，都属于证据不足的情况。但是不是一定要经过两次补充侦查后，才能作出不起诉的决定，法律没有要求。即便案件只经过一次补充侦查，只要人民检察院认为证据不足，而又没有必要进行第二次补充侦查的，就可以作出不起诉的决定。

3、犯罪嫌疑人有刑事诉讼法规定的情形之一的，人民检察院应当作出不起诉决定。刑事诉讼法第十五条规定了以下几种情形：

第一，情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪的。

第二，犯罪已过追诉时效期限的。

第三，经特赦令免除刑罚的。

第四，犯罪嫌疑人、被告人死亡的。

第五，其他法律规定免予追究刑事责任的。

4、对于犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的，人民检察院可以作出不起诉决定。对这种情况，可以分为两个方面，一是犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚的。这主要是指犯罪情节轻微不需要判处刑罚的，可以免予刑事处罚，如有的犯罪是初犯，且没有造成较严重的后果，有的是过失犯罪，情节也比较轻，不判处刑罚，更有利于对其本人的教育。另一种情况是，犯罪情节轻微，依照刑法规定应当或者可以免除处罚的，如犯罪后自首、有立功表现、犯罪未遂、犯罪中止、或属于正当防卫、紧急避险等等，刑法对这些情况分别都作了具体规定，其中有些可以免除处罚，有些应当免除处罚。

二、不服检察院不起诉决定应该怎么办

1、被害人、被不起诉人对不起诉决定不服，提出申诉的，应当递交申诉书，写明申诉理由。被害人、被不起诉人没有书写能力的，也可以口头提出申诉，人民检察院应当根据其口头提出的申诉制作笔录。

2、公安机关认为不起诉决定有错误，要求复议的，人民检察院审查起诉部门应当另行指定检察人员进行审查并提出审查意见，经审查起诉部门负责人审核，报请检察长或者检察委员会决定。人民检察院应当在收到要求复议意见书后的三十日内作出复议决定，通知公安机关。

3、上级检察机关的监督主要体现在上级检察院的复核权和最高人民检察院对地方各级人民检察院的起诉、不起诉决定，上级人民检察院对下级人民检察院的起诉、不起诉决定，如果发现确有错误的，应当予以撤销或者指令下级人民检察院纠正。

4、人民检察院如果发现不起诉决定确有错误，符合起诉条件的，应当撤销不起诉决定，提起公诉。