正确认定瑕疵股权转让后瑕疵出资责任的承担主体，首要前提是遵循科学的商事审判理念，注意妥善平衡商事交易安全、迅捷和公平之间的关系。具体而言，应注意遵循以下一些认定原则。

1、注意保护各类商事主体基于相关材料的公示效力所实施的合法的商事行为。反映到公司实践中，公司股东名册、章程乃至相关工商登记材料的公示效力不容忽视，司法要保护基于公示效力所实施的合法行为。

2、注意兼顾各类民商事主体的合法利益的平衡，避免顾此失彼。譬如，在有足够证据证明受让人系因出让股东的欺诈而受让瑕疵股权、且受让人及时提起合同撤销权之诉的情形下，法官若仍片面以保护公司债权人的合法利益为由，判令受让人和出让股东在出资瑕疵的范围内对公司债务承担清偿责任，其裁判结论显然有失公正。

3、合理把握过错和责任相当、对价和责任相当的原则。应避免对瑕疵股权出让股东的“原罪”和受让人受让瑕疵股权的无偿性视而不见，而应透过股权转让行为的表象对民事责任作出正确认定。

审理思路

当前实践中，最具代表性的瑕疵股权转让纠纷是所涉公司的债权人要求公司以及瑕疵股权的出让股东或者受让人承担债务清偿责任所引发的诉讼(若债权人仅列公司和瑕疵股权受让人为被告的，法院应依职权追加瑕疵股权的出让股东为共同被告，其目的是节约司法成本，实现案结事了)。

1、在受让人因受欺诈而有偿受让系争瑕疵股权的情形下，如果瑕疵股权转让合同的效力尚未否定，善意受让人原则上仍应和出让股东一起在出资瑕疵的范围内为目标公司的债务连带承担补充清偿责任，受让人承担责任后，可向出让股东行使追偿权，同时，可在法定期间内提起撤销瑕疵股权转让合同或者确认合同无效之诉。若该受让人在被债权人诉至法院后，及时提起撤销或无效之诉，且又符合合并审理条件的，法院应及时合并审理。否则，法院亦应依法优先对后者诉讼作出处理。如果处理结果是该瑕疵股权转让合同被判令无效，则受让人应在前者诉讼中免责，而仅由出让股东在其出资瑕疵的范围内对债务承担补充清偿责任；如果处理结果是该瑕疵股权转让合同仍被判令有效的，则受让人应和出让股东一起在出资瑕疵的范围内对债务连带承担补充清偿责任。至于之后受让人和出让股东如何分担责任，可由双方协商解决；若因协商不成而诉至法院的，法院应根据当事人双方的举证情况，结合瑕疵股权转让合同的内容和转让细节作出公正处理。

2、在受让人明知受让的股权存在出资瑕疵而仍自愿有偿(具体价格在所不问)受让系争瑕疵股权的情形下，应推定该受让人明知其可能会因受让系争瑕疵股权而承受消极后果，但仍愿意承受该种消极后果。在此情形下，受让人和出让股东仍应在出资瑕疵的范围内连带承担补充清偿责任。至于之后受让人和出让股东如何分担责任，则同样可由双方协商解决；如果因协商不成而诉至法院的，法院应根据当事人双方的举证情况，结合瑕疵股权转让合同的内容和转让细节作出公正处理。