从事计算所软件科研开发、技术贸易的高新技术企业通常面临着两个问题：一是需要不断开发和积累本企业的技术成果，以保持企业技术的优势；二是需要保护好企业拥有的知识产权，以能够利用本企业的知识产权为自身带来经济效益，否则将会影响企业的生存和发展。面在处理两者关系中，知识产权的保护通常占有更重要的地位。这是因为，高新技术企业大都是以知识创新开发产品，当知识产品进入市场后，则完全依赖于对其知识产权的保护，如果没有保护或保护不好，企业就不可能大规模的知识开发投资，企业也不可能更好的生存与发展。

目前，我国的软件企业在维护自身合法权益方面仍然与国外同类企业存在着较大的差距，在两个方面问题上比较突出：一是保护软件知识产权法制意识比较薄弱；二是知识产权归属关系不清。甚至还有一些企业尚未将保护软件知识产权的内容纳入企业管理制度之中。

一、知识产权是一种无形的产权，是企业的重要财富，保护软件知识产权应当作为现代企业制度的一项基本内容

企业可以进行以下两个方面的工作：

1.建立企业的知识产权管理制度

一个软件企业，往往会面临软件知识产权的权利归属、软件人才的管理、软件技术的保密以及软件成果的有效利用等一系列的问题，这些问题的解决不可能仅仅依靠企业的某些领导的行政干预，依靠企业自身的管理制度才是解决问题是一种有效的途径。从目前我国软件企业的情况看，因软件的权利归属不清、人才外流、管理不善面导致软件知识产权泄密和流失的问题比较严重，软件的研发及经营活动中不规范的问题比较突出。国外的实践证明，企业自身的知识产权管理制度是企业生存与发展非常重要的管理手段，企业知识产权管理制度，不仅应当形成激励机制，还应当建立明确的约束机制，并将可能发生的问题防患于未然。通过制度管理，有效地控制和管理企业有关知识产权保护方面的资料，掌握主动权，以确保企业在技术发展处于不败的地位。

2.设置企业的知识产权管理机构

考察外国的高新技术企业的机构时，不难发现许多企业特别设置了知识产权部门，参与到软件立项、开发、销售及售后服务的每一环节，并为对外事务提供法律保障；企业不由一名主要负责人专门负责企业知识产权的事务，以杜绝在管理中出现的缺陷或者将缺陷降到最低的限度。相反，我国有的企业往往是遇到法律纠纷人员参与问题的解决。由于专业知识上的差距以及时间上的限制，问题涉及范围大、问题的积累较多，增加了解决问题的复杂性，进而给企业带来麻烦。