从民事诉讼法第一百三十八条和刑事诉讼法第一百六十二条的规定可以看出，刑事案件和民事案件的判决要求必须查清事实且作出认定，但行政诉讼法对行政案件的判决在第五十四条则没有这样规定。笔者认为，在现行的行政裁判文书中，有的将行政机关作出的具体行政行为中认定的事实作为法院审理查明的事实，有的是法院根据有效证据确认案件的事实，这些做法均不符合行政诉讼法的要求，不能体现行政案件的特点。

为什么说法院查明事实不符合行政诉讼法的要求?因为行政诉讼法要求法院对行政行为的审查是进行证据审查，通过证据审查判断被诉具体行政行为所认定的事实是否正确。行政案件中的查明事实，是行政法律法规对行政机关依法行政的要求，也是属于行政机关的专属权利，属于行政机关行使行政权的范畴，不属法院司法权行使的范畴。否则，有司法权侵犯行政权之嫌。而且为了查清事实，行政法律法规规定了相应的行政程序。法院只有权对其是否依程序司法进行审查。

如果法院再进行事实审查，行政机关所认定的事实和法院认定的事实交织在一起，甚至可能对被诉具体行政行为中没有认定的事实进行认定，造成法院和行政机关一起审原告的错觉，无法体现行政审判所追求的最根本目标，即保障相对人的合法权益。而且，对相对人作出具体行政行为，这是行政机关的职权。查明案件事实的真相，根据证据认定案件的事实，这是行政的职责，也是法律对行政机关依法行使职权的要求，但却不是法院审理案件的职责，如果行政机关没有将案件的事实查清，则因主要证据不足而应承担败诉的责任。

这样做与以事实为依据，以法律为准绳原则是否矛盾?其实这样做不仅不矛盾，而且是与以事实为依据相一致的，只是在行政判决书上对法律事实用不同的方式进行表述而已。因为法院通过对行政机关提供的证据进行确认被诉具体行政行为对事实的认定是否正确，且以此为基础，依照行政诉讼法和司法解释规定的裁判结果和方式进行裁判。在此，被诉具体行政行为所认定的事实是法院作出判决的基础，即法院作出判决仍是以事实为依据。而且，在行政判决书上通过叙述被诉具体行政行为而把本案的事实表述清楚了。如果具体行政行为认定的事实所依据的主要证据清楚、充分，适用的法律正确，程序又是合法的，将是法院作出维持判决的基础;若是错误的，则可能是法院作出确认违法、撤销或变更等裁判的基础。

审理行政案件的传统做法是不仅审查证据，而且查明、确认案件的法律事实，这就造成了两种结果，即可能是法院认定的事实与被告认定的事实完全一致，或者法院认定的事实与被告认定的事实不一致。完全一致，则没有必要;不一致，则有司法权侵犯行政权之嫌。如果说法院必须查明，其内容应该是查明行政机关什么时候作出了怎样的具体行政行为这一事实情况，不作为的案件则查明原告申请的时间及所提交的材料等事实情况。