民办学校一般是需要交土地使用税的，《城镇土地使用税暂行条例》第六条规定，由国家财政部门拨付事业经费的单位自用的土地免缴土地使用税。

根据上述规定，免征土地使用税的范围包含由国家财政部门拨付事业经费的学校自用的土地，但显然也不包括民办的学校自用的土地。

除了上述财税[2004]39号，《国家税务总局关于土地使用税若干具体问题的解释和暂行规定》(国税地字[1988]15号)也有规定“企业办的学校、医院、托儿所、幼儿园，其用地能与企业其他用地明确区分的，可以比照由国家财政部门拨付事业经费的单位自用的土地，免征土地使用税。”另外考虑到《城镇土地使用税暂行条例》第十三条的规定“本条例的实施办法由省、自治区、直辖市人民政府制定。”

因而，如果学校所在地并未出台更为明确的免征土地使用税的政策规定，则对于民办学历教育学校不应减免土地使用税。如《辽宁省地方税务局关于明确房产税、城镇土地使用税有关问题的通知》(辽地税函[2009]189号)规定，对经教育部门批准，从事学历教育的全日制民办学校自用的房产和土地，暂免征收房产税和城镇土地使用税。

一、征收标准

城镇土地使用税采用定额税率，即采用有幅度的差别税额，按大、中、小城市和县城、建制镇、工矿区分别规定每平方米土地使用税年应纳税额。具体标准如下：

(一)大城市1.5元至30元；

(二)中等城市1.2元至24元；

(三)小城市0.9元至18元；

(四)县城、建制镇、工矿区0.6元至12元。

大、中、小城市以公安部门登记在册的非农业正式户口人数为依据，按照国务院颁布的《城市规划条例》中规定的标准划分。人口在50万以上者为大城市；人口在20万至50万之间者为中等城市；人口在20万以下者为小城市。

各省、自治区、直辖市人民政府可根据市政建设情况和经济繁荣程度在规定税额幅度内，确定所辖地区的适用税额幅度。经济落后地区，土地使用税的适用税额标准可适当降低，但降低额不得超过上述规定最低税额的30%.经济发达地区的适用税额标准可以适当提高，但须报财政部批准。