（一）立法上存在着漏洞

规范有序的企业合并需要有健全的法律法规作为配套。虽然企业合并在我国已经有相当一段时间的历史，在现阶段更是成了国有企业改革的一项重要措施。但是关于企业合并的法律法规依然很不健全。现行有关合并的立法对合并的很多制度没有做出规定，有关合并的许多规定只是散见于《公司法》、《破产法》等法律法规之中。如全民所有制工业企业法、集体企业条例等对合并的形式、合并的效力、合并的具体程序、合并的债权人的保护等重要的制度未做出规定。就是对合并规定较多的公司法，也缺乏对一些主要问题的规定，例如合并合同、合并中异议股东的保护、合并对价与合并支付金、简易合并等。此外，我国至今还没有反垄断立法，很难防止在合并中垄断问题的产生。

（二）立法不统一甚至相互矛盾

在我国，企业按照不同的类型分别使用不同的企业立法。而企业合并立法又含在相应企业立法中，这就造成了企业合并分别立法。这种分别立法缺乏协调，造成不统一，甚至相互矛盾。这种混乱主要表现在以下几个方面：

（1）企业合并的概念、形式的差异。公司法规，公司合并形式为吸收合并和新设合并，吸收合并中，一方公司解散，另一方公司存续；新设合并中，合并各方解散。适用于非公司制国有企业的部门文件《关于企业兼并的暂行办法》中则规定，企业兼并“是指一个企业购买其他企业的产权，使其他企业失去法人资格或者改变法人实体的一种行为。”显然这里的“兼并”除了公司法规定的两种合并外，还包括吸收合并的内容。另外该《暂行办法》还规定企业兼并包括承担债务式、购买式、吸收股份式、控股式等五种形式。立法对合并性质、形式的不同规定，使人们对合并的理解产生歧义，导致了合并事务中合同条款概念的模糊。

（2）企业合并的决定、审批规定的差异等。有些规定缺乏合理性。从平衡合并有关利害关系人利益，兼顾公平与效率的原则考虑，现行涉及合并的主要法律——公司法的有些规定尚有不合理因素。例如，关于平衡股东之间的利益，一是没有简易合并的规定，这不利于对多数股东的保护和合并的效率的提高；二是没有保护异议股东（即异议股东股份回购请求权）的规定，这又不利于对少数股东的保护和合并公平的原则。又如，关于债权的保护程序，规定了过于繁琐的合并公司公告程序和过于严格的债权人异议效力，这不利于合理平衡债权人和股东的利益，也不利合并的边界和效率。

（三）市场不完善，中介机构不发达，政府的行政干预过多，企业合并机制难以真正发挥作用

企业合并中，一些政府行为是必要的。因为在现行体制下，许多行为完全由企业自己完成还缺少相应的机制，政府可以在一定程度上推动企业合并。但是，目前企业合并中政府盲目干预过多，一些企业主管部门强制企业合并，“拉郎配”，这严重违反了企业合并的基本经济规律。造成这种局面的一个原因就在于企业产权交易市场不健全。企业合并时以市场为依托进行的，其本身也是资本运动。没有发达开放的产权交易市场和资本市场，企业合并必然十分困难。同时，中介机构对于企业合并也起着非常重要的作用，企业兼并通常需要有业务水平高的中介机构介入，为兼并双方提供信息和咨询，牵线搭桥，提供资金支持。我国目前在企业合并中中介机构的参与十分有限，主要表现在：信息量少，咨询服务功能不强；人员业务素质低；中介机构的主要业务局限在财务审计、资产评估和法律咨询上。针对此现状，应当加大力度完善产权交易市场、资本市场，培育和发展中介机构，确保企业合并的顺利进行。