一、两种措施对劳动者的限制后果不同。保密协议是雇主和雇员约定，雇员在受聘期限内和解除、聘用后保守其所知悉的雇主的商业秘密，不让第三人知悉、获取的协议。所以雇员在离开雇主单位后，可以受聘与雇主相同或相近的行业而不受限制，也即雇员的劳动权没有受到限制，但是雇员不得将原雇主的商业秘密泄露给新雇主。竞业禁止协议是考虑到离职员工的不正当竞业，从而限制离职雇员不得从事与雇主相同或相近的行业，所以竞业禁止协议首先限制了劳动者的劳动权、择业自由权。雇员离职后不得到与原雇主有竞争关系的企业谋职，无疑将削弱他的谋生能力，减少其再就业机会。其次，竞业禁止协议还限制了雇员使用其掌握的一般知识、经验和技能上的权利。由于竞业禁止协议限制了雇员从事相同相近行业，势必会导致雇员无法利用这些谋生技能，限制其个人的发展。竞业禁止的这一特性，决定了在法律上必须慎重对待竞业禁止协议。

二、制定方式上的不同。保密协议可以是口头形式，也可以是书面形式。因为保密义务实质上是雇员对雇主的一种默示义务，只要雇主明确了商业秘密范围、采取的保密措施，包括制订保密制度、设定密级，为雇员所知，根据雇员的忠诚义务，获取、利用商业秘密的雇员就应该保守秘密，包括离职后。竞业禁止协议必须要书面形式，经过双方合意。离职雇员竞业禁止义务系明示的合同义务。

三、是否需要支付相应的对价。保密是一种不作为，是否支付对价应由双方进行约定，且在没有约定的情况下不需要支付费用。如果约定支付保密费而没有支付，可以起诉要求对方支付，但仍然不能违反保密义务。对于竞业禁止协议，由于雇员因竞业禁止协议而被限制了劳动权，极有可能不能从事自己擅长专业或所熟练的工作，收入或生活质量降低在所难免，并且在知识更新加速的今天，暂时的从某个领域退出可能就意味着个人发展的停滞落后，因此雇主必需为竞业禁止协议支付经济补偿。我国有关规章及地方法规也把合理补偿作为竞业禁止协议的必备要件。

四、期限上的不同。实践中保密协议一般也约定期限，但笔者认为设定期限的保密协议与商业秘密的性质相违背，只要商业秘密处于秘密状态，义务人就应该遵守保密协议。而竞业禁止协议限制了劳动者的宪法权利，为了避免雇主滥用其优势经济地位而迫使劳动者签订不合理的竞业禁止协议，竞业禁止协议应该受到合理期限的限制。我国相关法律规定约定期限不得大于两年。

五、在侵犯商业秘密后举证责任上的不同。在商业秘密侵权诉讼中，举证责任往往成为商业秘密权利人的一个沉重负担，很多权利人往往因举证问题而不敢起诉、不敢举证或最终败诉。考察两种不同情形下的雇主之举证责任：一是在雇员违反保密协议而引起的诉讼中，雇主须证明自身商业秘密的存在、雇员违反保密义务将保密信息外泄的行为；二是在雇员违反竞业禁止协议而引起的诉讼中，雇主只须证明自身商业秘密的存在、雇员违反协议就职于竞争方或自营竞争性业务的行为。由于雇员违反保密义务的行为与泄密侵权行为往往是以隐蔽方式进行的，即使发现也不易举证；而雇员就职于竞争方或自营竞争性业务则是外在显而易见的事实，所以相对而言，这种情形下雇主举证责任较轻，因此承担的由举证不能引发的风险也较小。竞业禁止协议极大地减轻了商业秘密权人的举证责任，提高了其维权的积极性，大大增加了维权的便利性和胜诉的可能性。

综上所述，保密协议作为一种不用支付对价的商业秘密保护手段，一旦发生侵权行为，权利人面临取证、举证的难题，因此法律规定其为一种特定人员必须履行的法定义务。而竞业禁止协议限制了雇员的劳动权、生存权，因此必须慎重对待，从而客以必须支付经济补偿的条件，这符合公平正义的价值追求。