这是最主要的，司法实践中采用“实质性相似加接触原则”，即要有证据能证明原告软件和被告软件是相同的或构成实质性相似，并且被告接触了或有可能接触了原告的软件，就可以初步认定侵权行为的存在。

（1）原告软件的程序和文档；

（2）被告软件的的程序和文档；

（3）原告软件和被告软件的程序和文档经比对后是相同的或实质性相似的证据，此证据最好申请知识产权司法鉴定机构做司法鉴定，鉴定结论证明力一般大于其他书证、视听资料和证人证言，证明力也较高；

（4）被告接触了原告软件的程序和文档，只要能证明有接触的可能性就可以，比如原告的原软件开发人员跳槽到被告单位工作。

上述程序和文档，主要是指相应软件的源程序和与源程序开发有关的开发文档；但一般情况下，原告很难获得被告软件的源程序，即使原告申请了法院调查收集证据，被告也会拒绝提供其软件源程序，此时如果原告能证明双方软件的目标程序相同或实质性相似；或者虽不相同或者实质性相似，但是被告软件的目标程序中存在原告软件中的特有内容；或者双方软件的运行界面相同的，可以认定原告完成了相应的举证责任，这样做的法理依据是《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》第七十五条的规定，“有证据证明一方当事人持有证据无正当理由拒不提供，如果对方当事人主张该证据的内容不利于证据持有人，可以推定该主张成立。”

对侵权行为证据的收集

1、对侵权行为的证据收集

应先对原告进行证据收集，这种手记较简单，一般只需具有专利证书，相关部门发的专利证明，登记本，缴纳费税的票据即可。

接下来就是对侵权产品的证据搜集，这种搜集过程复杂，较为繁琐。大部分原告的目的是要求被告停止侵权行为并对自身进行赔偿。赔偿简单，但是前一个要求就不好达到，因为停止行为就需要被告对侵权产品进行停止生产。

所以生产商制造商也就成了第一被告。这时就要求原告对销售商，生产商或制造商进行证据收集。过程就显得相对麻烦，要求原告及原告律师留心侵权消息来源，对消息进行筛选。

2、对侵权事实证据的收集

因为《专利法》规定侵权行为必须符合一定事实，才能进行司法方面保护。此证据较为重要，原告最好通过律师参与进行取证。这一证据收集通常的做法是实行暗访公正购买，以此公正的取得侵权事实的证据。

3、损失赔偿证据的收集

要求赔偿一般是原告第二点要求。关于赔偿，原告也许收集证据，对此侵权产品的销售价值进行评估。但这种证据十分难搜集，很难对具体数值进行评估。这就需要专业人士进行评估，如若实在不行，则可根据侵权行为发生过程中原告利润的减少来要求被告进行赔偿。或直接根据损失索要固定赔偿数目。