公司设立协议与公司章程的区别在于：

1、设立协议的效力与公司章程不同。设立协议是调整公司成立过程中的法律关系和法律行为。设立协议产生在公司成立前和公司成立阶段，经发起人签字盖章具有法律效力。公司章程以公司成立为前提，公司成立后生效，对股东有约束力；

2、设立协议不是公司设立的必要法律文件。公司章程是公司设立的必要法律文件，任何公司登记都必须提交公司章程；

3、协议的设立是根据当事人之间的意思形成的非法律文件。其内容更多地反映了当事人的意志和要求，属于合同，需要遵守合同的一般规则；公司章程是法律文件，必须按照公司法制定，不得违反法律和行政法规；

4、设立协议不同于公司章程约束的对象。设立协议由所有发起人订立，调整发起人之间的关系，在发起人之间具有法律约束力。公司章程调整股东之间的法律关系，公司与股东之间的公司与公司治理机构之间的法律关系，包括对原发起人股东的约束，以及根据公司章程和加入公司的股东。

公司章程具有哪些特征

公司章程与《公司法》一样，共同肩负调整公司活动的责任。这就要求，公司的股东和发起人在制定公司章程时，必须考虑周全，规定得明确详细，不能做各种各样的理解。

（一）法定性。法定性主要强调公司章程的法律地位、主要内容及修改程序、效力都由法律强制规定，任何公司都不得违反。公司章程是公司设立的必备条件之一，无论是设立有限责任公司还是设立股份有限公司，都必须由全体股东或发起人订立公司章程，并且必须在公司设立登记时提交公司登记机关进行登记。

（二）真实性。真实性主要强调公司章程记载的内容必须是客观存在的、与实际相符的事实。

（三）自治性。自治性主要体现在：其一，公司章程作为一种行为规范，不是由国家而是由公司依法自行制订的，是公司股东意思表示一致的结果；其二，公司章程是一种法律以外的行为规范，由公司自己来执行，无需国家强制力来保证实施；其三，公司章程作为公司内部规章，其效力仅及于公司和相关当事人，而不具有普遍的约束力。

（四）公开性。公开性主要对股份有限公司而言。公司章程的内容不仅要对投资人公开，还要对包括债权人在内的一般社会公众公开。

《中华人民共和国公司法》第十一条设立公司必须依法制定公司章程。公司章程对公司、股东、董事、监事、高级管理人员具有约束力。