拒不配合法院司法鉴定对诉讼进程的影响有：

1.导致诉讼拖延。一般启动重新鉴定程序后，法院会对案件中止审理，视鉴定情况再恢复审理。但是，如果重新鉴定中，被鉴定人不配合鉴定，鉴定是无法进行的，由于鉴定结论迟迟无法确定，导致案件久拖未决，甚至会导致案件超审限、超期羁押。

2.影响案件审理。鉴定结论可以直接证明被害人或当事人的伤残等级，影响到犯罪嫌疑人是否有罪，罪重罪轻或当事人承担的民事责任大小，赔偿金额等。鉴定结论对于案件的审理有着十分重要的意义。

3.引发涉诉信访问题。被鉴定人不配合鉴定，导致重新鉴定无法进行，除了对案件本身有很大的影响外，还容易引发涉诉信访问题。由于被鉴定人不配合鉴定，另一方当事人又对原有的鉴定结论持有合理怀疑，最后案件的审理结果必然无法让当事人信服。

一、行政案件的重新鉴定规定

在行政诉讼中，原告或第三人认为被告据以认定案件事实的鉴定结论，即行政鉴定可能有错误时，可向法院申请重新鉴定，但必须满足如下条件和要求：

1、原告或第三人的重新鉴定申请必须在举证期限内提出。由于原告或第三人对于行政鉴定存有异议而申请重新鉴定既是原告或第三人的一项诉讼权利，又是他们反驳对方当事人、履行举证责任的一种手段，故应在举证期限内提出申请，即原告或第三人应在开庭审理前或法院指定的证据交换之日提出重新鉴定申请，若遇正当理由无法在上述期限内提出，则应在法庭调查中申请重新鉴定。

2、原告或第三人应以书面形式向法院提出重新鉴定申请。这样可促使当事人严肃地对待诉讼权利，也便于法院进行审查以决定是否重新启动鉴定程序。

3、原告或第三人申请重新鉴定，必须具有证据或正当理由来表明行政鉴定可能有误。如：鉴定机构或鉴定人员不具备鉴定资格、鉴定程序严重违法、鉴定结论明显依据不足、鉴定结论经质证认定不能作为证据使用等情形。

二、伤残鉴定的程序有哪些

分为自行委托和双方申请法院鉴定。如果是受害人自行委托的伤残评定结论，赔偿义务人不服的。有足够反驳鉴定结论的证据并且重新申请鉴定的，人民法院予以准许。绝大多数情况下，法院都会准许对伤残进行重新评定。这样带来的后果是，当事人自行委托鉴定得出鉴定结论，基本都能被要求重新鉴定。当事人申请法院委托相关机构进行伤残评定的，按照最高法院“证据规定”，第二十七条规定，除非有以下的四点情况，否则不能再申请重新鉴定：1、鉴定机构或者鉴定人员不具备相关的鉴定资格的；2、鉴定程序严重违法的；3、鉴定结论明显依据不足的；4、经过质证认定不能作为证据使用的其他情况。如果能够对缺陷鉴定结论，通过补充鉴定、重新质证或者其他办法解决的，不予重新鉴定。