当公司申请破产清算后，企业的知识产权列入破产财产进行破产清算，由管理人制定知识产权处理的变价方案，如制定对知识产权的变卖、拍卖方案，将上述变价方案交由债权人会议讨论通过，执行拍卖或协议转让等程序，所得收益按照破产财产清偿顺序进行处理。清算后仍存在的知识产权，由公司股东继受。涉及商标、专利等，应当办理所有权变更手续。

《中华人民共和国公司法》

第一百八十六条清算程序

清算组在清理公司财产、编制资产负债表和财产清单后，应当制定清算方案，并报股东会、股东大会或者人民法院确认。公司财产在分别支付清算费用、职工的工资、社会保险费用和法定补偿金，缴纳所欠税款，清偿公司债务后的剩余财产，有限责任公司按照股东的出资比例分配，股份有限公司按照股东持有的股份比例分配。清算期间，公司存续，但不得开展与清算无关的经营活动。公司财产在未依照前款规定清偿前，不得分配给股东。

《中华人民共和国企业破产法》

第一百一十一条管理人应当及时拟订破产财产变价方案，提交债权人会议讨论。管理人应当按照债权人会议通过的或者人民法院依照本法第六十五条第一款规定裁定的破产财产变价方案，适时变价出售破产财产。

第一百一十二条变价出售破产财产应当通过拍卖进行。但是，债权人会议另有决议的除外。破产企业可以全部或者部分变价出售。企业变价出售时，可以将其中的无形资产和其他财产单独变价出售。按照国家规定不能拍卖或者限制转让的财产，应当按照国家规定的方式处理。

一、公司破产清算的程序

在公司不能清偿到期债务的情况下，公司依照《中华人民共和国企业破产法》的规定进行清算。主要程序如下：

(一)破产宣告

破产宣告由自人民法院裁定作出之日起五日内送达债务人和管理人，自裁定作出之日起十日内通知已知债权人，并予以公告。

(二)破产财产变价方案

破产财产变价方案由管理人拟订并提交债权人会议讨论通过。

(三)变价

管理人按照债权人会议通过的或者人民法院裁定的破产财产变价方案，通过拍卖变价出售破产财产。债权人会议另有决议的除外。

(四)清偿

破产财产依照下列顺序清偿，破产财产不足以清偿同一顺序清偿要求的，按照比例分配。

1、破产费用和共益债务；

2、破产人所欠职工的工资和医疗、伤残补助、抚恤费用，所欠的应当划入职工个人账户的基本养老保险、基本医疗保险费用，以及法律、行政法规规定应当支付给职工的补偿金。破产企业的董事、监事和高级管理人员的工资按照该企业职工的平均工资计算；

3、破产人欠缴的除前项规定以外的社会保险费用和破产人所欠税款；

4、普通破产债权。

(五)终结

公司无财产可供分配或最后分配完结后，管理人提请人民法院裁定终结破产程序。人民法院裁定终结破产程序的，应当予以公告。管理人自破产程序终结之日起十日内，持人民法院终结破产程序的裁定，向破产人的原登记机关办理注销登记。